Orden de ramificación de los filos bacterianos (Woese, 1987)

Existen varios modelos del orden de ramificación de los filos bacterianos , uno de ellos fue propuesto en un artículo de 1987 por Carl Woese . ^[1]

El orden de ramificación propuesto por Carl Woese se basó en la filogenia molecular , que se consideró revolucionaria ya que todos los modelos anteriores se basaban en discusiones sobre la morfología. ( v. Monera ). ^[2] Se han propuesto varios modelos desde entonces y no se ha llegado a un consenso en la actualidad en cuanto al orden de ramificación de los principales linajes bacterianos. ^[3]

El gen utilizado fue el ADN ribosomal 16S .

Árbol

Se han cambiado los nombres para reflejar la nomenclatura más actual utilizada por los filogenistas moleculares.

Nota sobre los nombres

A pesar del impacto que tuvo el artículo en la clasificación bacteriana, no se trató de una propuesta de cambio de taxonomía. En consecuencia, a muchos clados se les dieron nombres oficiales. Esto ocurrió solo posteriormente: por ejemplo, las "bacterias púrpuras y sus parientes" fueron renombradas Proteobacteria . ^[4]

Discusión

Estructura atómica de la subunidad ribosómica 30S de Thermus thermophilus, de la que forma parte la 16S. Las proteínas se muestran en azul y la hebra única de ARN en marrón. ^[5]

En 1987, Carl Woese , considerado el precursor de la revolución de la filogenia molecular, dividió Eubacteria en 11 divisiones basadas en secuencias de ARN ribosómico 16S (SSU), que se enumeran a continuación. ^{[1] [6]} Desde entonces se han propuesto muchos nuevos filos.

• Bacterias púrpuras y sus parientes (posteriormente rebautizadas como Proteobacterias ^[7] )
  • subdivisión alfa ( bacterias púrpuras no azufradas , rizobacterias , Agrobacterium , Rickettsiae , Nitrobacter )
  • subdivisión beta ( Rhodocyclus , (algunos) Thiobacillus , Alcaligenes , Spirillum , Nitrosovibrio )
  • subdivisión gamma (entéricos, pseudomonas fluorescentes , bacterias de azufre púrpura , Legionella , (algunas) Beggiatoa )
  • Subdivisión delta (reductores de azufre y sulfato ( Desulfovibrio ), Myxobacteria , Bdellovibrio )
• Eubacterias grampositivas ^{[Nota 1]}
  • Especies con alto contenido de G+C (posteriormente rebautizadas como Actinobacteria ^[11] ) ( Actinomyces , Streptomyces , Arthrobacter , Micrococcus , Bifidobacterium )
  • Especies de bajo contenido de G+C (posteriormente rebautizadas como Firmicutes ^[11] ) ( Clostridium , Peptococcus , Bacillus , Mycoplasma )
  • Especies fotosintéticas ( Heliobacteria )
  • Especies con paredes Gram-negativas ( Megasphaera , Sporomusa )
• Cianobacterias y cloroplastos ( Aphanocapsa , Oscillatoria , Nostoc , Synechococcus , Gloeobacter , Prochloron )
• Espiroquetas y parientes
  • Espiroquetas ( Spirochaeta , Treponema , Borrelia )
  • Leptospiras ( Leptospira , Leptonema )
• Bacterias verdes del azufre ( Chlorobium , Chloroherpeton )
• Bacteroides , Flavobacteria y parientes (posteriormente rebautizados como Bacteroidetes)
  • Bacteroides ( Bacteroides , Fusobacterium )
  • Grupo de flavobacterias ( Flavobacterium , Cytophaga , Saprospira , Flexibacter )
• Planctomyces y parientes (posteriormente rebautizados como Planctomycetes )
  • Grupo Planctomyces ( Planctomyces , Pasteuria [ sic ] ^{[Nota 2]} )
  • Termófilos ( Isocystis pallida )
• Clamidias ( Chlamydia psittaci , Chlamydia trachomatis )
• Micrococos radioresistentes y parientes (ahora comúnmente denominados Deinococcus–Thermus ^[12] o Thermi ) ^{[Nota 3]}
  • Grupo Deinococcus ( Deinococcus radiodurans )
  • Termófilos ( Thermus aquaticus )
• Bacterias verdes no azufradas y sus parientes (posteriormente rebautizadas como Chloroflexi ^[16] )
  • Grupo cloroflexo ( Chloroflexus , Herpetosiphon )
  • Grupo Thermomicrobium ( Thermomicrobium roseum )
• Termotoga maritima ( Thermotoga maritima )

Último antepasado común universal

La raíz del árbol, es decir , el nodo del último ancestro común universal , se sitúa entre el dominio Bacteria (o reino Eubacteria como se conocía entonces) y el clado formado por los dominios Archaea (antiguamente reino Archaebacteria ) y Eukaryotes . Esto es coherente con todos los estudios posteriores, salvo el estudio de Thomas Cavalier-Smith en 2002 y 2004, que no se basó en la filogenia molecular. ^[17]

Los eucariotas son un mosaico de diferentes linajes:

• El genoma en el núcleo desciende del primer eucariota sin orgánulos, el "urcariota", una especie hermana del arqueón ancestral.
• Las mitocondrias son orgánulos que descienden de la proto-mitocondria , una especie de Rickettsiales ( Alphaproteobacteria ) ( v. Reclinomonas y retortamonads ).
• Los cloroplastos son orgánulos de origen cianobacteriano.

Por ello, en Woese (1987) el grupo se denomina urcariota.

El clado compuesto por Archaea y el genoma nuclear de eucariotas es llamado Neomura por T. Cavalier-Smith ^[17]

Véase también

• Orden de ramificación de los filos bacterianos (Woese, 1987)
• Orden de ramificación de los filos bacterianos (Rappe y Giovanoni, 2003)
• Orden de ramificación de los filos bacterianos según ARB Silva Living Tree
• Orden de ramificación de los filos bacterianos (Ciccarelli et al., 2006)
• Orden de ramificación de los filos bacterianos (Battistuzzi et al., 2004)
• Orden de ramificación de los filos bacterianos (Gupta, 2001)
• Orden de ramificación de los filos bacterianos (Cavalier-Smith, 2002)
• Revolución woeseiana

Notas al pie

1. Hasta hace poco, se creía que solo Firmicutes y Actinobacteria eran Gram-positivas. Sin embargo, el filo candidato TM7 también puede ser Gram-positivo. ^{[8] Sin embargo,} Chloroflexi posee una sola bicapa, pero se tiñe de forma negativa (con algunas excepciones ^[9] ). ^[10]
2. Pasteuria ahora se asigna al filo Bacilli , no al filo Planctomycetes .
3. Se ha propuesto llamar al clado Xenobacteria ^[13] o Hadobacteria ^[14] (este último se considera un nombre ilegítimo ^[15] ).

Referencias

1. Woese, CR (1987). "Evolución bacteriana". Microbiological Reviews . 51 (2): 221–71. doi :10.1128/MMBR.51.2.221-271.1987. PMC  373105 . PMID  2439888.
2. Olsen GJ, Woese CR, Overbeek R (1994). "Los vientos del cambio (evolutivo): insuflando nueva vida a la microbiología". Journal of Bacteriology . 176 (1): 1–6. doi :10.2172/205047. PMC 205007 . PMID  8282683. 
3. Pace, NR (2009). "Mapping the Tree of Life: Progress and Prospects" (Mapeo del árbol de la vida: progreso y perspectivas). Microbiology and Molecular Biology Reviews (Revisiones de microbiología y biología molecular ). 73 (4): 565–576. doi :10.1128/MMBR.00033-09. PMC 2786576. PMID  19946133 . 
4. Stackebrandt; et al. (1988). "Proteobacteria classis nov., un nombre para el taxón filogenético que incluye las "bacterias púrpuras y sus parientes"". Int. J. Syst. Bacteriol . 38 (3): 321–325. doi : 10.1099/00207713-38-3-321 .
5. Schluenzen F; et al. (2000). "Estructura de la subunidad ribosomal pequeña funcionalmente activada a una resolución de 3,3 angstroms". Cell . 102 (5): 615–23. doi : 10.1016/S0092-8674(00)00084-2 . PMID  11007480.
6. Holland L (22 de mayo de 1990). "Carl Woese a la vanguardia de la revolución de la evolución bacteriana". The Scientist . 3 (10).
7. Stackebrandt; et al. (1988). "Proteobacteria classis nov., un nombre para el taxón filogenético que incluye las "bacterias púrpuras y sus parientes"". Int. J. Syst. Bacteriol . 38 (3): 321–325. doi : 10.1099/00207713-38-3-321 .
8. Hugenholtz, P.; Tyson, G. W.; Webb, RI; Wagner, AM; Blackall, LL (2001). "Investigación de la división candidata TM7, un linaje principal recientemente reconocido de las bacterias del dominio sin representantes conocidos en cultivos puros". Microbiología aplicada y ambiental . 67 (1): 411–9. doi :10.1128/AEM.67.1.411-419.2001. PMC 92593 . PMID  11133473. 
9. Yabe, S.; Aiba, Y.; Sakai, Y.; Hazaka, M.; Yokota, A. (2010). "Thermogemmatispora onikobensis gen. nov., sp. nov. y Thermogemmatispora foliorum sp. nov., aisladas de hojas caídas en suelos geotérmicos, y descripción de Thermogemmatisporaceae fam. nov. y Thermogemmatisporales ord. nov. dentro de la clase Ktedonobacteria". Revista Internacional de Microbiología Sistemática y Evolutiva . 61 (4): 903–910. doi : 10.1099/ijs.0.024877-0 . PMID  20495028.
10. Sutcliffe, IC (2011). "Arquitectura de la envoltura celular en los cloroflexos: una línea de frente cambiante en una guerra territorial filogenética". Microbiología ambiental . 13 (2): 279–282. doi :10.1111/j.1462-2920.2010.02339.x. PMID  20860732.
11. Stackebrandt, E.; Rainey, FA; Ward-Rainey, NL (1997). "Propuesta para un nuevo sistema de clasificación jerárquica, Actinobacteria classis nov". Revista internacional de bacteriología sistemática . 47 (2): 479–491. doi : 10.1099/00207713-47-2-479 .
12. JP Euzéby. «Lista de nombres procariotas con posición en la nomenclatura: clasificación de Deinococcus–Thermus». Archivado desde el original el 27 de enero de 2013. Consultado el 30 de diciembre de 2010 .
13. Manual de bacteriología sistemática de Bergey, primera edición.
14. Cavalier-Smith, T (2002). "El origen neomurano de Archaebacteria, la raíz negibacteriana del árbol universal y la megaclasificación bacteriana". Revista internacional de microbiología sistemática y evolutiva . 52 (Pt 1): 7–76. doi : 10.1099/00207713-52-1-7 . PMID  11837318.
15. "Lista de nombres procariotas con posición en la nomenclatura: clase Hadobacteria". LPSN . Archivado desde el original el 19 de abril de 2012 . Consultado el 30 de diciembre de 2010 . Euzéby, JP (1997). "Lista de nombres bacterianos con su posición en la nomenclatura: una carpeta disponible en Internet". Int J Syst Bacteriol . 47 (2): 590–2. doi : 10.1099/00207713-47-2-590 . ISSN  0020-7713. PMID  9103655.
16. Boone DR; Castenholz RW (18 de mayo de 2001) [1984 (Williams & Wilkins)]. Garrity GM (ed.). Las arqueas y las bacterias fototróficas y de ramificación profunda . Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. Vol. 1 (2.ª ed.). Nueva York: Springer. págs. 721. ISBN. 978-0-387-98771-2. Biblioteca Británica n.º GBA561951.
17. Cavalier-Smith, T (2002). "El origen neomurano de las arqueobacterias, la raíz negibacteriana del árbol universal y la megaclasificación bacteriana". Revista internacional de microbiología sistemática y evolutiva . 52 (Pt 1): 7–76. doi : 10.1099/00207713-52-1-7 . PMID  11837318.