[4] Luego del asentamiento de varios grupos llegados por tierra y mar a San Diego, Rivera continuó la exploración hacia el norte con Portolá, hasta Monterey.
Atendiendo a las instrucciones recibidas del virrey continuó con las exploraciones hacia el norte, hasta lo que hoy es la ciudad de San Francisco, lugar donde se estableció un presidio.
Tras una penosa travesía y con la ayuda del cacique yuma, Salvador Palma, logró llegar a su destino habiendo recorrido casi 1200 kilómetros.
Rivera se oponía a crear un asentamiento en Yerba Buena (hoy día, San Francisco).
Por ello fue excomulgado por los mandatarios religiosos Junípero Serra, Pedro Font (que había llegado a las manos con Rivera) y Fermín Lasuen.