Permaneció en Europa desde 1862 hasta 1867, y así consiguió el dominio de los idiomas neerlandés e inglés.
Regresó a Japón a bordo del acorazado Kaiyō Maru, un buque de guerra de vapor comprado en los Países Bajos por el gobierno del Shogunato Tokugawa.
Durante su estancia en Europa, Enomoto se había dado cuenta de que el telégrafo sería un importante medio de comunicación en el futuro, y comenzó a planificar un sistema para conectar Edo y Yokohama.
Sin embargo, los líderes del nuevo gobierno de Meiji (en gran parte por la insistencia del primer ministro Kuroda Kiyotaka), lo indultaron en 1872, pensando que por su conocimiento podía ser de utilidad.
Al año siguiente, fue a Rusia como enviado especial para negociar el Tratado de San Petersburgo.
En 1885, por sus dotes diplomáticas se le hizo un nuevo llamamiento para prestar asistencia a Itō Hirobumi en la celebración del Convenio de Tientsin con la Dinastía Qing.
Después, Enomoto consiguió una serie de altos cargos en el gobierno japonés.