Las 1.119 páginas del códice fueron confeccionadas por Leonardo entre 1478, cuando todavía vivía en la localidad italiana Vinci en la que nació, hasta 1519, cuando murió en Amboise, Francia.Sobre finales del siglo XVI, Pompeo Leoni reunió desordenadamente algunos de los manuscritos.Sin embargo, sólo regresó el Códice Atlántico, y las doce piezas restantes terminaron en el Instituto de Francia.[7][8] Monseñor Gianfranco Ravasi alertó al instituto de conservación, el Opificio delle Pietre Dure, en Florencia.[9] Además, las manchas parecen estar no en el códice sino en cartones más recientes.