Al año siguiente, 1571, se convirtió en miembro de la temida Opríchnina y consolidó su posición en la corte mediante su matrimonio con María, la hija del favorito de Iván IV, el temido Maliuta Skurátov.
Dado que la Iglesia ortodoxa rusa reconocía solo sus tres primeros casamientos, y los hijos habidos en ellos como legítimos, técnicamente Dmitri (y la familia de su madre) no tenían ningún derecho sobre el trono.
Vasili Shúiski encabezó una misión oficial para determinar las causas de su muerte, y el veredicto oficial fue que el niño se cortó la garganta durante un ataque epiléptico.
Con todo, Godunov llevó a cabo el segundo lugar durante el curso de la vida del tío (político) del zar Teodoro I, Nikita Románovich Zajarin-Yúriev (Nikita Romanovich), quien, al fallecer el 23 de abril de 1585, lo dejó sin un rival serio.
La dirección de los asuntos del reino pasó completamente a su control que ejerció durante 13 de los 14 años que reinó Teodoro I, relacionándose con los príncipes extranjeros como un par.
En 1595 logró recuperar los pueblos que había capturado Suecia durante el reinado previo.
Entre estos pueblos se encontraban Samara, Sarátov, Vorónezh, Tsaritsyn, y otros poblados más pequeños.
Esta reforma satisfizo las aspiraciones del zar, puesto que Teodoro vivía con un profundo interés todos los asuntos de la Iglesia.
Tras ganar la guerra ruso-sueca (1590-1595), vio la necesidad de crear un acuerdo sobre el mar Báltico, e intentó anexionarse Livonia mediante gestiones diplomáticas.
La familia Románov sufrió especialmente a causa de este comportamiento.