Nació en Montluçon, estudió en París, y fue durante un periodo alumno de Saint-Saëns en la École Niedermeyer.
Messager compuso 45 obras escénicas, de las que ocho son ballets.
En 1883 terminó la ópera cómica de Firmin Bernicat François des bas bleus; y en 1885 presentó sus propias operetas, La Fauvette du temple y La Béarnaise, siendo la última presentada en Londres en 1886.
La ópera cómica de Messager La Basoche fue producida en 1890 en la Opéra Comique en París (una versión en inglés fue producida en Londres en 1891 por Richard D'Oyly Carte) y le dio ya una cierta reputación.
Luego ésta se acrecentó con ópera ligeras melodiosas y accesibles tales como Madame Chrysanthème (1893), Mirette (1894, producida por la D'Oyly Carte Opera Company en el Teatro Savoy), la exitosa Les p´tites Michu (1897) —de la que se ofrecieron un total de 401 presentaciones en el Daly's Theatre en Londres en 1905— y la opereta Véronique (1898), su ópera cómica más exitosa en Inglaterra (1904-05).