Fue ampliamente conocido en su época como maestro del órgano, y fue considerable su producción musical para dicho instrumento.Las composiciones más notables de Gigout son sus 10 pièces pour orgue (10 piezas para órgano), compuestas en 1890, que incluyen la Toccata en si menor, su creación más conocida, que aún hoy se interpreta con frecuencia en los recitales de órgano.Algo menos conocido e incluido en la misma colección es el Scherzo en mi mayor.Otras composiciones notables de Gigout son el Grand Choeur Dialogué y la Marche Religieuse.Las obras de Gigout se encuentran disponibles en varias grabaciones comerciales.
