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Espectrometría de masas en tándem

Un espectrómetro de masas en tándem híbrido de tiempo de vuelo cuadrupolo .

La espectrometría de masas en tándem , también conocida como MS/MS o MS 2 , es una técnica de análisis instrumental en la que se realizan dos o más etapas de análisis utilizando uno o más analizadores de masas con un paso de reacción adicional entre estos análisis para aumentar sus capacidades de análisis. muestras químicas. [1] Un uso común de la EM en tándem es el análisis de biomoléculas , como proteínas y péptidos .

Las moléculas de una muestra determinada se ionizan y el primer espectrómetro (denominado MS1 ) separa estos iones por su relación masa-carga (a menudo dada como m/z o m/Q). Los iones de una relación m/z particular provenientes de MS1 se seleccionan y luego se dividen en fragmentos de iones más pequeños , por ejemplo, mediante disociación inducida por colisión , reacción ion-molécula o fotodisociación . Estos fragmentos luego se introducen en el segundo espectrómetro de masas ( MS2 ), que a su vez separa los fragmentos por su relación m/z y los detecta . El paso de fragmentación permite identificar y separar iones que tienen relaciones m/z muy similares en espectrómetros de masas normales.

Estructura

Las configuraciones típicas de instrumentación de espectrometría de masas en tándem incluyen espectrómetros de masas de triple cuadrupolo (QqQ), espectrómetro de masas multisectorial , cuadrupolo-tiempo de vuelo (Q-TOF), espectrómetros de masas de resonancia de ciclotrón iónico por transformada de Fourier y espectrómetros de masas híbridos.

Espectrómetro de masas de triple cuadrupolo

Los espectrómetros de masas de triple cuadrupolo utilizan el primer y tercer cuadrupolo como filtros de masa. Cuando los analitos pasan el segundo cuadrupolo, la fragmentación se produce mediante colisión con el gas.

Cuadrupolo – tiempo de vuelo (Q-TOF)

El espectrómetro de masas Q-TOF combina instrumentos cuadrupolo y TOF, que juntos permiten experimentos de fragmentación que producen cuantificaciones de masas altamente precisas para iones de productos. Este es un método de espectrometría de masas en el que las proporciones de iones fragmentados ( m / z ) se determinan mediante una medición del tiempo de vuelo.

Espectrómetro de masas híbrido

El espectrómetro de masas híbrido consta de más de dos analizadores de masas.

Instrumentación

Esquema de espectrometría de masas en tándem.

Se pueden lograr múltiples etapas de separación del análisis de masas con elementos individuales del espectrómetro de masas separados en el espacio o utilizando un solo espectrómetro de masas con los pasos de MS separados en el tiempo. Para la espectrometría de masas en tándem en el espacio, los diferentes elementos a menudo se anotan de forma abreviada, indicando el tipo de selector de masas utilizado.

Tándem en el espacio

Diagrama triple cuadrupolar; y ejemplo de espectrometría de masas en tándem en el espacio

En la espectrometría de masas en tándem en el espacio , los elementos de separación están físicamente separados y distintos, aunque existe una conexión física entre los elementos para mantener un alto vacío . Estos elementos pueden ser sectores , cuadrupolo de transmisión o tiempo de vuelo. Cuando se utilizan varios cuadrupolos, pueden actuar como analizadores de masas y cámaras de colisión.

La notación común para analizadores de masas es Q – analizador de masas cuadrupolo; q – cuadrupolo de colisión de radiofrecuencia ; TOF – analizador de masas de tiempo de vuelo ; B – sector magnético y E – sector eléctrico. La notación se puede combinar para indicar varios instrumentos híbridos, por ejemplo QqQ'espectrómetro de masas de triple cuadrupolo ; QTOF : espectrómetro de masas de tiempo de vuelo cuadrupolo (también QqTOF ); y BEBE , espectrómetro de masas de cuatro sectores (geometría inversa).

Tándem en el tiempo

Un espectrómetro de masas con trampa de iones es un ejemplo de un instrumento de espectrometría de masas en tándem en el tiempo.

Al realizar espectrometría de masas en tándem en el tiempo , la separación se logra con iones atrapados en el mismo lugar, con múltiples pasos de separación a lo largo del tiempo. Para dicho análisis se puede utilizar una trampa de iones cuadrupolo o un instrumento de resonancia ciclotrón de iones por transformada de Fourier (FTICR). [2] Los instrumentos de captura pueden realizar múltiples pasos de análisis, lo que a veces se denomina MS n (MS to the n ). [3] A menudo no se indica el número de pasos, n , pero ocasionalmente se especifica el valor; por ejemplo MS 3 indica tres etapas de separación. Los instrumentos de MS en tándem en el tiempo no utilizan los modos que se describen a continuación, pero normalmente recopilan toda la información de un escaneo de iones precursores y un escaneo de iones originales de todo el espectro. Cada configuración instrumental utiliza un modo único de identificación masiva.

Modos tándem en el espacio MS/MS

Cuando la MS en tándem se realiza con un diseño en el espacio, el instrumento debe funcionar en uno de varios modos. Hay varias configuraciones experimentales de MS/MS en tándem diferentes y cada modo tiene sus propias aplicaciones y proporciona información diferente. La MS en tándem en el espacio utiliza el acoplamiento de dos componentes de instrumentos que miden el mismo rango de espectro de masas pero con un fraccionamiento controlado entre ellos en el espacio, mientras que la MS en tándem en el tiempo implica el uso de una trampa de iones .

Hay cuatro experimentos de escaneo principales posibles usando MS/MS: escaneo de iones precursores, escaneo de iones de producto, escaneo de pérdida neutra y monitoreo de reacciones seleccionadas.

Para una exploración de iones precursores, el ion producto se selecciona en el segundo analizador de masas y las masas precursoras se exploran en el primer analizador de masas. Tenga en cuenta que el ion precursor [4] es sinónimo de ion padre [5] y el ion producto [6] de ion hijo; [7] sin embargo, se desaconseja el uso de estos términos antropomórficos. [8] [9]

En un escaneo de iones de producto, se selecciona un ion precursor en la primera etapa, se le permite fragmentarse y luego todas las masas resultantes se escanean en el segundo analizador de masas y se detectan en el detector que está ubicado después del segundo analizador de masas. Este experimento se realiza comúnmente para identificar las transiciones utilizadas para la cuantificación mediante MS en tándem.

En un escaneo de pérdida neutral, el primer analizador de masas escanea todas las masas. El segundo analizador de masas también escanea, pero con un desplazamiento establecido respecto al primer analizador de masas. [10] Esta compensación corresponde a una pérdida neutra que se observa comúnmente para la clase de compuestos. En una exploración de pérdida de neutral constante, se monitorean todos los precursores que sufren la pérdida de un neutral común específico. Para obtener esta información, ambos analizadores de masas se escanean simultáneamente, pero con una compensación de masa que se correlaciona con la masa del neutro especificado. De manera similar a la exploración de iones precursores, esta técnica también es útil en la identificación selectiva de clases de compuestos estrechamente relacionados en una mezcla.

En la monitorización de reacciones seleccionadas, ambos analizadores de masas se ajustan a una masa seleccionada. Este modo es análogo al monitoreo de iones seleccionados para experimentos de MS. Un modo de análisis selectivo, que puede aumentar la sensibilidad. [11]

Fragmentación

La fragmentación de iones en fase gaseosa es esencial para la espectrometría de masas en tándem y ocurre entre diferentes etapas del análisis de masas. Se utilizan muchos métodos para fragmentar los iones y estos pueden dar lugar a diferentes tipos de fragmentación y, por tanto, a información diferente sobre la estructura y composición de la molécula.

Fragmentación en fuente

A menudo, el proceso de ionización es lo suficientemente violento como para dejar a los iones resultantes con suficiente energía interna para fragmentarse dentro del espectrómetro de masas. Si los iones del producto persisten en su estado de no equilibrio durante un período de tiempo moderado antes de la autodisociación, este proceso se denomina fragmentación metaestable . [12] La fragmentación de la boquilla-desnatadora se refiere a la inducción intencionada de fragmentación en la fuente mediante el aumento del potencial de la boquilla-desnatadora en instrumentos generalmente basados ​​en electropulverización . Aunque la fragmentación en la fuente permite el análisis de fragmentación, técnicamente no es espectrometría de masas en tándem a menos que los iones metaestables se analicen o seleccionen en masa antes de la autodisociación y se realice una segunda etapa de análisis en los fragmentos resultantes. La fragmentación en fuente se puede utilizar en lugar de la espectrometría de masas en tándem mediante la utilización de la tecnología de anotación de fragmentación en fuente mejorada (EISA), que genera una fragmentación que coincide directamente con los datos de espectrometría de masas en tándem. [13] Los fragmentos observados por EISA tienen una mayor intensidad de señal que los fragmentos tradicionales que sufren pérdidas en las celdas de colisión de los espectrómetros de masas en tándem. [14] EISA permite la adquisición de datos de fragmentación en analizadores de masas MS1, como instrumentos de tiempo de vuelo y de cuadrupolo único. La fragmentación en la fuente se utiliza a menudo además de la espectrometría de masas en tándem (con fragmentación posterior a la fuente) para permitir dos pasos de fragmentación en un experimento de tipo pseudo MS 3 . [15]

Disociación inducida por colisión

La fragmentación posterior a la fuente es lo que más se utiliza en un experimento de espectrometría de masas en tándem. También se puede añadir energía a los iones, que normalmente ya están excitados por vibración, mediante colisiones posteriores a la fuente con átomos o moléculas neutros, la absorción de radiación o la transferencia o captura de un electrón por un ion con carga múltiple. La disociación inducida por colisión (CID), también llamada disociación activada por colisión (CAD), implica la colisión de un ion con un átomo o molécula neutro en la fase gaseosa y la posterior disociación del ion. [16] [17] Por ejemplo, considere

donde el ion AB + choca con la especie neutra M y posteriormente se rompe. Los detalles de este proceso se describen en la teoría de colisiones . Debido a la diferente configuración instrumental, son posibles dos tipos principales de CID: (i) tipo haz (en el que los iones precursores se fragmentan en el vuelo) [18] y (ii) tipo trampa de iones (en el que los iones precursores se fragmentan en el vuelo) [18] primero quedan atrapados y luego fragmentados). [19] [20]

Un tercer y más reciente tipo de fragmentación CID es la disociación colisional de mayor energía (HCD). HCD es una técnica de CID específica de los espectrómetros de masas orbittrap en la que la fragmentación tiene lugar fuera de la trampa de iones, [21] [22] ocurre en la celda HCD (en algunos instrumentos se denomina "multipolo de enrutamiento de iones"). [23] HCD es una fragmentación tipo trampa que se ha demostrado que tiene características de tipo haz. [24] [25] Existen bases de datos de espectrometría de masas en tándem de alta resolución y gran escala, disponibles gratuitamente (por ejemplo, METLIN con 850.000 estándares moleculares, cada uno con datos experimentales de CID MS/MS), [26] y normalmente se utilizan para facilitar la identificación de moléculas pequeñas.

Métodos de captura y transferencia de electrones.

La energía liberada cuando un electrón es transferido o capturado por un ion con carga múltiple puede inducir la fragmentación.

Disociación por captura de electrones

Si se añade un electrón a un ion positivo con carga múltiple, se libera energía de Coulomb . Agregar un electrón libre se llama disociación por captura de electrones (ECD) [27] y está representada por

para una molécula M multiprotonada.

Disociación por transferencia de electrones

La adición de un electrón a través de una reacción ion-ion se llama disociación por transferencia de electrones (ETD). [28] [29] De manera similar a la disociación por captura de electrones, la ETD induce la fragmentación de cationes (por ejemplo, péptidos o proteínas ) transfiriéndoles electrones . Fue inventado por Donald F. Hunt , Joshua Coon , John EP Syka y Jarrod Marto en la Universidad de Virginia . [30]

ETD no utiliza electrones libres, sino aniones radicales (p. ej., antraceno o azobenceno ) para este fin:

donde A es el anión. [31]

ETD se escinde aleatoriamente a lo largo de la cadena principal del péptido (iones cyz), mientras que las cadenas laterales y modificaciones como la fosforilación se dejan intactas. La técnica solo funciona bien para iones con estados de carga más altos (z>2); sin embargo, en relación con la disociación inducida por colisión (CID), la ETD es ventajosa para la fragmentación de péptidos más largos o incluso proteínas enteras. Esto hace que la técnica sea importante para la proteómica de arriba hacia abajo . Al igual que el ECD, el ETD es eficaz para péptidos con modificaciones como la fosforilación. [32]

La transferencia de electrones y la disociación por colisión de mayor energía (EThcD) es una combinación de ETD y HCD en la que el precursor peptídico se somete inicialmente a una reacción ion/ion con aniones fluoranteno en una trampa de iones lineal , que genera iones c y z. [28] [33] En el segundo paso, la fragmentación de todos los iones de HCD se aplica a todos los iones derivados de ETD para generar iones by y antes del análisis final en el analizador orbitrap. [21] Este método emplea fragmentación dual para generar espectros MS/MS ricos en iones y, por lo tanto, en datos para la secuenciación de péptidos y la localización de PTM . [34]

Disociación por transferencia de electrones negativa

La fragmentación también puede ocurrir con una especie desprotonada, en la que un electrón se transfiere de la especie a un reactivo catiónico en una disociación por transferencia negativa de electrones (NETD): [35]

Después de este evento de transferencia, el anión deficiente en electrones sufre un reordenamiento interno y se fragmenta . NETD es el análogo ion/ion de la disociación por desprendimiento de electrones (EDD).

NETD es compatible con la fragmentación de péptidos y proteínas a lo largo de la columna vertebral en el enlace C α -C. Los fragmentos resultantes suelen ser iones de producto de tipo - y x.

Disociación por desprendimiento de electrones

La disociación por desprendimiento de electrones (EDD) es un método para fragmentar especies aniónicas en espectrometría de masas. [36] Sirve como un modo contrario negativo a la disociación por captura de electrones. Los iones cargados negativamente se activan mediante irradiación con electrones de energía cinética moderada. El resultado es la expulsión de electrones de la molécula iónica original , lo que provoca la disociación mediante recombinación.

Disociación de transferencia de carga

La reacción entre péptidos cargados positivamente y reactivos catiónicos, [37] también conocida como disociación por transferencia de carga (CTD), [38] se ha demostrado recientemente como una vía alternativa de fragmentación de alta energía para péptidos en estado de carga baja (1+ o 2+). . El mecanismo propuesto de CTD utilizando cationes de helio como reactivo es:

Los informes iniciales indican que CTD provoca la escisión del enlace C α -C de la columna vertebral de los péptidos y proporciona iones de producto de tipo - y x.

Fotodisociación

La energía requerida para la disociación se puede agregar mediante absorción de fotones , lo que da como resultado la fotodisociación de iones y se representa por

donde representa el fotón absorbido por el ion. Se pueden utilizar láseres ultravioleta, pero pueden provocar una fragmentación excesiva de las biomoléculas. [39]

Disociación multifotónica infrarroja

Los fotones infrarrojos calentarán los iones y provocarán la disociación si se absorben una cantidad suficiente. Este proceso se llama disociación multifotónica infrarroja (IRMPD) y a menudo se logra con un láser de dióxido de carbono y un espectrómetro de masas que atrapa iones, como un FTMS . [40]

Disociación radiativa infrarroja del cuerpo negro

La radiación de cuerpo negro se puede utilizar para la fotodisociación en una técnica conocida como disociación radiativa infrarroja de cuerpo negro (BIRD). [41] En el método BIRD, toda la cámara de vacío del espectrómetro de masas se calienta para crear luz infrarroja . BIRD utiliza esta radiación para excitar vibraciones cada vez más energéticas de los iones, hasta que se rompe un enlace, creando fragmentos. [41] [42] Esto es similar a la disociación multifotónica infrarroja que también utiliza luz infrarroja, pero de una fuente diferente. [17] BIRD se utiliza con mayor frecuencia con espectrometría de masas por resonancia ciclotrón de iones por transformada de Fourier .

Disociación inducida por superficie

Con la disociación inducida por superficie (SID), la fragmentación es el resultado de la colisión de un ion con una superficie en alto vacío. [43] [44] Hoy en día, SID se utiliza para fragmentar una amplia gama de iones. Hace años, solo era común usar SID en especies de menor masa y carga única porque los métodos de ionización y las tecnologías de análisis de masas no estaban lo suficientemente avanzados para formar, transmitir o caracterizar adecuadamente iones de alta m/z. Con el tiempo, las superficies monocapa (SAM) autoensambladas compuestas de CF 3 (CF 2 ) 10 CH 2 CH 2 S sobre oro han sido las superficies de colisión más utilizadas para SID en un espectrómetro en tándem. Los SAM han actuado como los objetivos de colisión más deseables debido a sus características masas efectivas grandes para la colisión de iones entrantes. Además, estas superficies están compuestas de cadenas rígidas de fluorocarbono , que no amortiguan significativamente la energía de los iones del proyectil. Las cadenas de fluorocarbono también son beneficiosas debido a su capacidad para resistir la fácil transferencia de electrones desde la superficie del metal a los iones entrantes. [45] La capacidad de SID para producir subcomplejos que permanecen estables y proporcionan información valiosa sobre la conectividad no tiene comparación con ninguna otra técnica de disociación. Dado que los complejos producidos a partir de SID son estables y retienen la distribución de carga en el fragmento, esto produce un espectro único en el que el complejo se centra alrededor de una distribución m/z más estrecha. Los productos SID y la energía con la que se forman reflejan las fortalezas y la topología del complejo. Los patrones de disociación únicos ayudan a descubrir la estructura cuaternaria del complejo. La distribución de carga simétrica y la dependencia de la disociación son exclusivas de SID y hacen que los espectros producidos se distingan de cualquier otra técnica de disociación. [45]

La técnica SID también es aplicable a la espectrometría de masas de movilidad iónica (IM-MS). Tres métodos diferentes para esta técnica incluyen el análisis de la caracterización de la topología, la conectividad entre subunidades y el grado de despliegue de la estructura de las proteínas. El análisis del desarrollo de la estructura de las proteínas es la aplicación más utilizada de la técnica SID. Para la espectrometría de masas de movilidad iónica (IM-MS), la SID se utiliza para la disociación de los precursores activados en la fuente de tres tipos diferentes de complejos proteicos: proteína C reactiva (CRP), transtiretina (TTR) y concanavalina A (Con A). . Este método se utiliza para observar el grado de desarrollo de cada uno de estos complejos. Para esta observación, SID mostró las estructuras de los iones precursores que existen antes de la colisión con la superficie. IM-MS utiliza el SID como una medida directa de la conformación de la subunidad de cada proteína. [46]

La resonancia ciclotrón de iones por transformada de Fourier (FTICR) puede proporcionar una resolución ultraalta y una alta precisión de masa a los instrumentos que toman medidas de masa. Estas características hacen de los espectrómetros de masas FTICR una herramienta útil para una amplia variedad de aplicaciones, como varios experimentos de disociación [47], como la disociación inducida por colisión (CID, disociación por transferencia de electrones (ETD), [48] y otros. Además, La disociación inducida se ha implementado con este instrumento para el estudio de la fragmentación de péptidos fundamentales. Específicamente, la SID se ha aplicado al estudio de la energía y la cinética de la fragmentación en fase gaseosa dentro de un instrumento ICR . la fragmentación en fase gaseosa de péptidos protonados, iones peptídicos de electrones impares, complejos ligando-péptido no covalentes y grupos de metales ligados.

Proteómica cuantitativa

La proteómica cuantitativa se utiliza para determinar la cantidad relativa o absoluta de proteínas en una muestra. [50] [51] [52] Varios métodos de proteómica cuantitativa se basan en la espectrometría de masas en tándem. MS/MS se ha convertido en un procedimiento de referencia para la elucidación estructural de biomoléculas complejas. [53]

Un método comúnmente utilizado para la proteómica cuantitativa es el etiquetado con etiquetas isobáricas. El etiquetado con etiquetas isobáricas permite la identificación y cuantificación simultánea de proteínas de múltiples muestras en un solo análisis. Para cuantificar proteínas, los péptidos se marcan con etiquetas químicas que tienen la misma estructura y masa nominal, pero varían en la distribución de isótopos pesados ​​en su estructura. Estas etiquetas, comúnmente denominadas etiquetas de masa en tándem, están diseñadas para que la etiqueta de masa se escinda en una región enlazadora específica tras una disociación inducida por colisión (HCD) de mayor energía durante la espectrometría de masas en tándem, lo que produce iones indicadores de diferentes masas. La cuantificación de proteínas se logra comparando las intensidades de los iones indicadores en los espectros MS/MS. Dos etiquetas isobáricas disponibles comercialmente son los reactivos iTRAQ y TMT.

Etiquetas isobáricas para cuantificación relativa y absoluta (iTRAQ)

Marcado isobárico para espectrometría de masas en tándem: las proteínas se extraen de las células, se digieren y se marcan con etiquetas de la misma masa. Cuando se fragmentan durante MS/MS, los iones indicadores muestran la cantidad relativa de péptidos en las muestras.

Una etiqueta isobárica para cuantificación relativa y absoluta (iTRAQ) es un reactivo para espectrometría de masas en tándem que se utiliza para determinar la cantidad de proteínas de diferentes fuentes en un solo experimento. [54] [55] [56] Utiliza moléculas marcadas con isótopos estables que pueden formar un enlace covalente con el extremo N y las aminas de cadena lateral de las proteínas. Los reactivos iTRAQ se utilizan para marcar péptidos de diferentes muestras que se agrupan y analizan mediante cromatografía líquida y espectrometría de masas en tándem. La fragmentación de la etiqueta adjunta genera un ion indicador de baja masa molecular que puede usarse para cuantificar relativamente los péptidos y las proteínas de las que se originaron.

Etiqueta de masa en tándem (TMT)

Una etiqueta de masa en tándem (TMT) es una etiqueta química de etiqueta de masa isobárica que se utiliza para la cuantificación e identificación de proteínas. [57] Las etiquetas contienen cuatro regiones: informador de masas, conector escindible, normalización de masas y grupo reactivo de proteínas. Los reactivos TMT se pueden utilizar para analizar simultáneamente de 2 a 11 muestras de péptidos diferentes preparadas a partir de células, tejidos o fluidos biológicos. Los desarrollos recientes permiten analizar hasta 16 e incluso 18 muestras (16plex o 18plex respectivamente). [58] [59] Hay tres tipos de reactivos TMT disponibles con diferentes reactividades químicas: (1) un grupo funcional éster NHS reactivo para marcar aminas primarias (TMTduplex, TMTsixplex, TMT10plex más TMT11-131C), (2) un reactivo yodoacetilo funcional grupo para marcar sulfhidrilos libres (yodoTMT) y (3) grupo funcional alcoxiamina reactiva para marcar carbonilos (aminoxiTMT).

DIA multiplexado (plexDIA)

El progreso en la adquisición independiente de datos (DIA) permitió la proteómica cuantitativa multiplexada con etiquetas de masa no isobáricas y un nuevo método llamado plexDIA introducido en 2021. [60] [61] Este nuevo enfoque aumenta la cantidad de puntos de datos al paralelizar muestras y péptidos. , logrando así ganancias multiplicativas. Tiene el potencial de seguir ampliando el rendimiento proteómico con nuevas etiquetas y algoritmos masivos. [62] [63] plexDIA es aplicable tanto a muestras masivas [64] como unicelulares y es particularmente potente para la proteómica unicelular. [65] [66]

Aplicaciones

Péptidos

Traza cromatográfica (arriba) y espectro de masas en tándem (abajo) de un péptido.

La espectrometría de masas en tándem se puede utilizar para la secuenciación de proteínas . [67] Cuando las proteínas intactas se introducen en un analizador de masas, esto se llama " proteómica de arriba hacia abajo " y cuando las proteínas se digieren en péptidos más pequeños y posteriormente se introducen en el espectrómetro de masas, esto se llama " proteómica de abajo hacia arriba ". La proteómica de escopeta es una variante de la proteómica de abajo hacia arriba en la que las proteínas de una mezcla se digieren antes de la separación y la espectrometría de masas en tándem.

La espectrometría de masas en tándem puede producir una etiqueta de secuencia peptídica que puede usarse para identificar un péptido en una base de datos de proteínas. [68] [69] [70] Se ha desarrollado una notación para indicar fragmentos de péptidos que surgen de un espectro de masas en tándem. [71] Los iones de fragmentos de péptidos se indican con a, b o c si la carga se retiene en el extremo N y con x, y o z si la carga se mantiene en el extremo C. El subíndice indica el número de residuos de aminoácidos en el fragmento. A veces se utilizan superíndices para indicar pérdidas neutras además de la fragmentación de la columna vertebral, * para pérdida de amoníaco y ° para pérdida de agua. Aunque la escisión del esqueleto peptídico es la más útil para la secuenciación y la identificación de péptidos, se pueden observar otros iones fragmentados en condiciones de disociación de alta energía. Estos incluyen los iones de pérdida de cadena lateral d, v, w e iones de amonio [72] [73] y iones de fragmentos específicos de secuencia adicionales asociados con residuos de aminoácidos particulares. [74]

oligosacáridos

Los oligosacáridos se pueden secuenciar usando espectrometría de masas en tándem de manera similar a la secuenciación de péptidos. [75] La fragmentación generalmente ocurre en ambos lados del enlace glicosídico (iones b, c, y y z), pero también en condiciones más energéticas a través de la estructura del anillo de azúcar en una escisión de anillos cruzados (iones x). Nuevamente se utilizan subíndices finales para indicar la posición de la escisión a lo largo de la cadena. Para iones de escisión de anillos cruzados, la naturaleza de la escisión de anillos cruzados se indica mediante superíndices anteriores. [76] [77]

Oligonucleótidos

La espectrometría de masas en tándem se ha aplicado a la secuenciación de ADN y ARN . [78] [79] Se ha propuesto una notación para la fragmentación en fase gaseosa de iones oligonucleótidos . [80]

Detección de recién nacidos

El cribado neonatal es el proceso de realizar pruebas a los recién nacidos para detectar enfermedades genéticas , endocrinológicas , metabólicas y hematológicas tratables . [81] [82] El desarrollo de la detección por espectrometría de masas en tándem a principios de la década de 1990 condujo a una gran expansión de enfermedades metabólicas congénitas potencialmente detectables que afectan los niveles sanguíneos de ácidos orgánicos. [83]

Análisis de moléculas pequeñas

Se ha demostrado que los datos de espectrometría de masas en tándem son muy consistentes entre las plataformas de instrumentos y fabricantes, incluida la instrumentación de tiempo de vuelo cuadrupolo (QTOF) y Q Exactive, especialmente a 20 eV. [84]

Limitación

La espectrometría de masas en tándem no se puede aplicar para análisis de células individuales, ya que es insensible analizar cantidades tan pequeñas de una célula. Estas limitaciones se deben principalmente a una combinación de producción ineficiente de iones y pérdidas de iones dentro de los instrumentos debido a fuentes de ruido químico de los disolventes. [85]

Perspectiva del futuro

La espectrometría de masas en tándem será una herramienta útil para la caracterización de proteínas, complejos de nucleoproteínas y otras estructuras biológicas. Sin embargo, quedaron algunos retos como analizar cuantitativa y cualitativamente la caracterización del proteoma. [86]

Ver también

Referencias

  1. ^ IUPAC , Compendio de terminología química , 2ª ed. (el "Libro de Oro") (1997). Versión corregida en línea: (2006–) "espectrómetro de masas en tándem". doi :10.1351/librooro.T06250
  2. ^ Cody RB, Freiser BS (1982). "Disociación inducida por colisión en un espectrómetro de masas por transformada de Fourier". Revista internacional de espectrometría de masas y física de iones . 41 (3): 199–204. Código bibliográfico : 1982IJMSI..41..199C. doi :10.1016/0020-7381(82)85035-3.
  3. ^ Cody RB, Burnier RC, Cassady CJ, Freiser BS (1 de noviembre de 1982). "Disociaciones consecutivas inducidas por colisiones en espectrometría de masas por transformada de Fourier". Química analítica . 54 (13): 2225–2228. doi :10.1021/ac00250a021.
  4. ^ IUPAC , Compendio de terminología química , 2ª ed. (el "Libro de Oro") (1997). Versión corregida en línea: (2006–) "ion precursor". doi :10.1351/librooro.P04807
  5. ^ IUPAC , Compendio de terminología química , 2ª ed. (el "Libro de Oro") (1997). Versión corregida en línea: (2006–) "ion padre". doi :10.1351/librodorado.P04406
  6. ^ IUPAC , Compendio de terminología química , 2ª ed. (el "Libro de Oro") (1997). Versión corregida en línea: (2006–) "product ion". doi :10.1351/librooro.P04864
  7. ^ IUPAC , Compendio de terminología química , 2ª ed. (el "Libro de Oro") (1997). Versión corregida en línea: (2006–) "ion hija". doi :10.1351/librooro.D01524
  8. ^ Bursey, Maurice M. (1991). "Comentario a los lectores: El estilo y la falta del mismo". Reseñas de espectrometría de masas . 10 (1): 1–2. Código Bib : 1991MSRv...10....1B. doi :10.1002/mas.1280100102.
  9. ^ Adams, J. (1992). "Al editor". Revista de la Sociedad Estadounidense de Espectrometría de Masas . 3 (4): 473. doi : 10.1016/1044-0305(92)87078-D . PMID  24243061.
  10. ^ Louris JN, Wright LG, Cooks RG, Schoen AE (1985). "Se accede a nuevos modos de exploración con un espectrómetro de masas híbrido". Química analítica . 57 (14): 2918–2924. doi :10.1021/ac00291a039.
  11. ^ deHoffman E, Stroobant V (2003). Espectrometría de masas: principios y aplicaciones . Toronto: Wiley. pag. 133.ISBN 978-0-471-48566-7.
  12. ^ IUPAC , Compendio de terminología química , 2ª ed. (el "Libro de Oro") (1997). Versión corregida en línea: (2006–) "especies (químicas) transitorias". doi :10.1351/librooro.T06451
  13. ^ Domingo-Almenara, Xavier; Montenegro-Burke, J. Rafael; Guijas, Carlos; Majumder, Erica L.-W.; Benton, H. Paul; Siuzdak, Gary (5 de marzo de 2019). "Anotación de fragmentos en fuente autónoma guiada por METLIN para metabolómica no dirigida". Química analítica . 91 (5): 3246–3253. doi : 10.1021/acs.analchem.8b03126. PMC 6637741 . PMID  30681830. 
  14. ^ Xue, Jing Chuan; Domingo-Almenara, Xavier; Guijas, Carlos; Palermo, Amelia; Rinschen, Markus M.; Isabel, Juan; Benton, H. Paul; Siuzdak, Gary (21 de abril de 2020). "La anotación de fragmentación mejorada en la fuente permite la adquisición independiente de datos novedosos y la identificación molecular autónoma de METLIN". Química analítica . 92 (8): 6051–6059. doi :10.1021/acs.analchem.0c00409. PMC 8966047 . PMID  32242660. S2CID  214768212. 
  15. ^ Körner R, Wilm M, Morand K, Schubert M, Mann M (febrero de 1996). "Nano electrospray combinado con una trampa de iones cuadrupolo para el análisis de péptidos y digestiones de proteínas". Revista de la Sociedad Estadounidense de Espectrometría de Masas . 7 (2): 150–6. doi :10.1016/1044-0305(95)00626-5. PMID  24203235. S2CID  1030006.
  16. ^ Wells JM, McLuckey SA (2005). "Disociación inducida por colisión (CID) de péptidos y proteínas". Espectrometría de masas biológica . Métodos en enzimología. vol. 402, págs. 148–85. doi :10.1016/S0076-6879(05)02005-7. ISBN 9780121828073. PMID  16401509.
  17. ^ ab Sleno L, Volmer DA (octubre de 2004). "Métodos de activación iónica para espectrometría de masas en tándem". Revista de espectrometría de masas . 39 (10): 1091-112. Código Bib : 2004JMSp...39.1091S. doi :10.1002/jms.703. PMID  15481084.
  18. ^ Xia Y, Liang X, McLuckey SA (febrero de 2006). "Trampa de iones versus disociación inducida por colisión de tipo haz de baja energía de iones de ubiquitina protonados". Química analítica . 78 (4): 1218–27. doi :10.1021/ac051622b. PMID  16478115.
  19. ^ Marzo RE (1 de abril de 1997). "Introducción a la espectrometría de masas con trampa de iones cuadrupolo". Revista de espectrometría de masas . 32 (4): 351–369. Código Bib : 1997JMSp...32..351M. doi : 10.1002/(sici)1096-9888(199704)32:4<351::aid-jms512>3.0.co;2-y . S2CID  16506573.
  20. ^ Bantscheff M, Boesche M, Eberhard D, Matthieson T, Sweetman G, Kuster B (septiembre de 2008). "Cuantificación iTRAQ robusta y sensible en un espectrómetro de masas LTQ Orbitrap". Proteómica molecular y celular . 7 (9): 1702–13. doi : 10.1074/mcp.M800029-MCP200 . PMC 2556025 . PMID  18511480. 
  21. ^ ab Olsen JV, Macek B, Lange O, Makarov A, Horning S, Mann M (septiembre de 2007). "Disociación de trampa C de mayor energía para análisis de modificación de péptidos". Métodos de la naturaleza . 4 (9): 709–12. doi : 10.1038/nmeth1060. PMID  17721543. S2CID  2538231.
  22. ^ Senko MW, Remes PM, Canterbury JD, Mathur R, Song Q, Eliuk SM, Mullen C, Earley L, Hardman M, Blethrow JD, Bui H, Specht A, Lange O, Denisov E, Makarov A, Horning S, Zabrouskov V (diciembre de 2013). "Nuevo espectrómetro de masas tribrido Orbitrap / cuadrupolo paralelizado / trampa de iones lineal que mejora la cobertura del proteoma y las tasas de identificación de péptidos". Química analítica . 85 (24): 11710–4. doi :10.1021/ac403115c. PMID  24251866.
  23. ^ Riley NM, Westphall MS, Coon JJ (julio de 2017). "La disociación por transferencia de iones y electrones activada permite una fragmentación integral de proteínas de arriba hacia abajo". Revista de investigación del proteoma . 16 (7): 2653–2659. doi : 10.1021/acs.jproteome.7b00249. PMC 5555583 . PMID  28608681. 
  24. ^ Nagaraj N, D'Souza RC, Cox J, Olsen JV, Mann M (diciembre de 2010). "Viabilidad de la fosfoproteómica a gran escala con fragmentación por disociación por colisión de mayor energía". Revista de investigación del proteoma . 9 (12): 6786–94. doi :10.1021/pr100637q. PMID  20873877.
  25. ^ Jora M, Burns AP, Ross RL, Lobue PA, Zhao R, Palumbo CM, Beal PA, Addepalli B, Limbach PA (agosto de 2018). "Diferenciación de isómeros posicionales de modificaciones de nucleósidos mediante espectrometría de masas de disociación colisional de alta energía (HCD MS)". Revista de la Sociedad Estadounidense de Espectrometría de Masas . 29 (8): 1745-1756. Código Bib : 2018JASMS..29.1745J. doi :10.1007/s13361-018-1999-6. PMC 6062210 . PMID  29949056. 
  26. ^ "Métricas del artículo - Base de datos de estándares moleculares METLIN MS 2: un amplio recurso químico y biológico | Métodos naturales". ISSN  1548-7105. {{cite journal}}: Citar diario requiere |journal=( ayuda )
  27. ^ Cooper HJ, Håkansson K, Marshall AG (2005). "El papel de la disociación por captura de electrones en el análisis biomolecular". Reseñas de espectrometría de masas . 24 (2): 201–22. Código Bib : 2005MSRv...24..201C. doi :10.1002/mas.20014. PMID  15389856.
  28. ^ ab Syka JE, Coon JJ, Schroeder MJ, Shabanowitz J, Hunt DF (junio de 2004). "Análisis de secuencias de péptidos y proteínas mediante espectrometría de masas por disociación por transferencia de electrones". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 101 (26): 9528–33. Código Bib : 2004PNAS..101.9528S. doi : 10.1073/pnas.0402700101 . PMC 470779 . PMID  15210983. 
  29. ^ Mikesh LM, Ueberheide B, Chi A, Coon JJ, Syka JE, Shabanowitz J, Hunt DF (diciembre de 2006). "La utilidad de la espectrometría de masas ETD en el análisis proteómico". Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Proteínas y Proteómica . 1764 (12): 1811–22. doi :10.1016/j.bbapap.2006.10.003. PMC 1853258 . PMID  17118725. 
  30. ^ Patente estadounidense 7534622, Donald F. Hunt, Joshua J. Coon, John EP Syka, Jarrod A. Marto, "Disociación por transferencia de electrones para análisis espectrométrico de masas de secuencia de biopolímeros", publicada el 19 de mayo de 2009 
  31. ^ McLuckey SA, Stephenson JL (1998). "Química ion/ion de iones de alta masa con carga múltiple". Reseñas de espectrometría de masas . 17 (6): 369–407. Código Bib : 1998MSRv...17..369M. doi :10.1002/(SICI)1098-2787(1998)17:6<369::AID-MAS1>3.0.CO;2-J. PMID  10360331.
  32. ^ Chi A, Huttenhower C, Geer LY, Coon JJ, Syka JE, Bai DL, Shabanowitz J, Burke DJ, Troyanskaya OG, Hunt DF (febrero de 2007). "Análisis de sitios de fosforilación en proteínas de Saccharomyces cerevisiae mediante espectrometría de masas por disociación por transferencia de electrones (ETD)". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 104 (7): 2193–8. Código bibliográfico : 2007PNAS..104.2193C. doi : 10.1073/pnas.0607084104 . PMC 1892997 . PMID  17287358. 
  33. ^ Frese CK, Altelaar AF, van den Toorn H, Nolting D, Griep-Raming J, Heck AJ, Mohammed S (noviembre de 2012). "Hacia una cobertura completa de la secuencia de péptidos mediante fragmentación dual que combina espectrometría de masas en tándem de disociación por colisión de transferencia de electrones y de mayor energía". Química analítica . 84 (22): 9668–73. doi :10.1021/ac3025366. PMID  23106539.
  34. ^ Frese CK, Zhou H, Taus T, Altelaar AF, Mechtler K, Heck AJ, Mohammed S (marzo de 2013). "Localización inequívoca de fosfosito mediante disociación por colisión de alta energía / transferencia de electrones (EThcD)". Revista de investigación del proteoma . 12 (3): 1520–5. doi :10.1021/pr301130k. PMC 3588588 . PMID  23347405. 
  35. ^ Coon JJ, Shabanowitz J, Hunt DF, Syka JE (junio de 2005). "Disociación por transferencia de electrones de aniones peptídicos". Revista de la Sociedad Estadounidense de Espectrometría de Masas . 16 (6): 880–2. doi : 10.1016/j.jasms.2005.01.015. PMID  15907703.
  36. ^ Budnik BA, Haselmann KF, Zubarev RA (2001). "Disociación por desprendimiento de electrones de dianiones peptídicos: un fenómeno de recombinación electrón-hueco". Letras de Física Química . 342 (3–4): 299–302. Código Bib : 2001CPL...342..299B. doi :10.1016/S0009-2614(01)00501-2.
  37. ^ Chingin K, Makarov A, Denisov E, Rebrov O, Zubarev RA (enero de 2014). "Fragmentación de iones biológicos cargados positivamente activados con un haz de cationes de alta energía". Química analítica . 86 (1): 372–9. doi :10.1021/ac403193k. PMID  24236851.
  38. ^ Hoffmann WD, Jackson GP (noviembre de 2014). "Espectrometría de masas por disociación por transferencia de carga (CTD) de cationes peptídicos utilizando cationes de helio de kiloelectronvoltios". Revista de la Sociedad Estadounidense de Espectrometría de Masas . 25 (11): 1939–43. Código Bib : 2014JASMS..25.1939H. doi :10.1007/s13361-014-0989-6. PMID  25231159. S2CID  1400057.
  39. ^ Morgan JW, Hettick JM, Russell DH (2005). "Secuenciación de péptidos por fotodisociación TOF MS MALDI de 193 nm". Espectrometría de masas biológica . Métodos en enzimología. vol. 402, págs. 186-209. doi :10.1016/S0076-6879(05)02006-9. ISBN 9780121828073. PMID  16401510.
  40. ^ Little DP, Speir JP, Senko MW, O'Connor PB, McLafferty FW (septiembre de 1994). "Disociación multifotónica infrarroja de grandes iones con carga múltiple para secuenciación de biomoléculas". Química analítica . 66 (18): 2809–15. doi :10.1021/ac00090a004. PMID  7526742.
  41. ^ ab Schnier PD, Price WD, Jockusch RA, Williams ER (julio de 1996). "Disociación radiativa infrarroja del cuerpo negro de la bradicinina y sus análogos: energética, dinámica y evidencia de estructuras de puentes salinos en la fase gaseosa". Revista de la Sociedad Química Estadounidense . 118 (30): 7178–89. doi :10.1021/ja9609157. PMC 1393282 . PMID  16525512. 
  42. ^ Dunbar RC (2004). "BIRD (disociación radiativa infrarroja de cuerpo negro): evolución, principios y aplicaciones". Reseñas de espectrometría de masas . 23 (2): 127–58. Código Bib : 2004MSRv...23..127D. doi : 10.1002/mas.10074 . PMID  14732935.
  43. ^ Grill V, Shen J, Evans C, Cooks RG (2001). "Colisiones de iones con superficies a energías químicamente relevantes: instrumentación y fenómenos". Revisión de Instrumentos Científicos . 72 (8): 3149. Código bibliográfico : 2001RScI...72.3149G. doi :10.1063/1.1382641.
  44. ^ Mabud, M. (1985). "Disociación de iones moleculares inducida por la superficie". Revista internacional de espectrometría de masas y procesos iónicos . 67 (3): 285–294. Código bibliográfico : 1985IJMSI..67..285M. doi :10.1016/0168-1176(85)83024-X.
  45. ^ ab Stiving, Alyssa; VanAernum, Zachary; Busch, Florián; Harvey, Sophie; Sarni, Samantha; Wysocki, Vicki (9 de noviembre de 2018). "Disociación inducida por la superficie: un método eficaz para la caracterización de la estructura cuaternaria de proteínas". Química analítica . 91 (1): 190-191. doi : 10.1021/acs.analchem.8b05071. PMC 6571034 . PMID  30412666. 
  46. ^ Quintyn, Royston S.; Zhou, Mowei; Yan, Jing; Wysocki, Vicki H. (1 de diciembre de 2015). "Espectros de masas de disociación inducida por la superficie como herramienta para distinguir diferentes formas estructurales de complejos proteicos multiméricos en fase gaseosa". Química analítica . 87 (23): 11879–11886. doi : 10.1021/acs.analchem.5b03441. ISSN  0003-2700. PMID  26499904.
  47. ^ Laskin, Julia ; Futrell, Jean H. (2005). "Activación de grandes lons en espectrometría de masas FT-ICR". Reseñas de espectrometría de masas . 24 (2): 135–167. Código Bib : 2005MSRv...24..135L. doi :10.1002/mas.20012. ISSN  0277-7037. PMID  15389858.
  48. ^ Kaplan, Desmond A.; Hartmer, Ralf; Speir, J. Paul; Stoermer, Carsten; Gumerov, Dmitri; Pascual, Michael L.; Brekenfeld, Andreas; Kim, Taeman; Laukien, Frank; Parque, Melvin A. (2008). "Disociación por transferencia de electrones en la celda de colisión de hexapolo de un espectrómetro de masas de resonancia de ciclotrón de iones de transformada de Fourier híbrido cuadrupolo-hexapolo". Comunicaciones rápidas en espectrometría de masas . 22 (3): 271–278. Código Bib : 2008RCMS...22..271K. doi :10.1002/rcm.3356. ISSN  0951-4198. PMID  18181247.
  49. ^ Laskin, Julia (junio de 2015). "Disociación inducida por la superficie: una herramienta única para estudiar la energética y cinética de la fragmentación en fase gaseosa de iones grandes". Revista europea de espectrometría de masas . 21 (3): 377–389. doi :10.1255/ejms.1358. ISSN  1469-0667. PMID  26307719. S2CID  19837927.
  50. ^ Ong SE, Mann M (octubre de 2005). "La proteómica basada en espectrometría de masas se vuelve cuantitativa". Biología Química de la Naturaleza . 1 (5): 252–62. doi :10.1038/nchembio736. PMID  16408053. S2CID  32054251.
  51. ^ Bantscheff M, Schirle M, Sweetman G, Rick J, Kuster B (octubre de 2007). "Espectrometría de masas cuantitativa en proteómica: una revisión crítica". Química Analítica y Bioanalítica . 389 (4): 1017–31. doi : 10.1007/s00216-007-1486-6 . PMID  17668192.
  52. ^ Nikolov M, Schmidt C, Urlaub H (2012). "Proteómica cuantitativa basada en espectrometría de masas: una descripción general". Métodos cuantitativos en proteómica . Métodos en biología molecular. vol. 893, págs. 85-100. doi :10.1007/978-1-61779-885-6_7. hdl :11858/00-001M-0000-0029-1A75-8. ISBN 978-1-61779-884-9. PMID  22665296. S2CID  33009117.
  53. ^ Maher S, Jjunju FP, Taylor S (2015). "100 años de espectrometría de masas: perspectivas y tendencias de futuro". Mod. Rev. Física . 87 (1): 113-135. Código Bib : 2015RvMP...87..113M. doi :10.1103/RevModPhys.87.113.
  54. ^ Ross PL, Huang YN, Marchese JN, Williamson B, Parker K, Hattan S, Khainovski N, Pillai S, Dey S, Daniels S, Purkayastha S, Juhasz P, Martin S, Bartlet-Jones M, He F, Jacobson A , Pappin DJ (diciembre de 2004). "Cuantificación de proteínas multiplexadas en Saccharomyces cerevisiae utilizando reactivos de etiquetado isobáricos reactivos con aminas". Proteómica molecular y celular . 3 (12): 1154–69. doi : 10.1074/mcp.M400129-MCP200 . PMID  15385600. S2CID  1979097.
  55. ^ Zieske LR (2006). "Una perspectiva sobre el uso de la tecnología de reactivos iTRAQ para estudios de perfiles y complejos de proteínas". Revista de Botánica Experimental . 57 (7): 1501–8. doi : 10.1093/jxb/erj168 . PMID  16574745.
  56. ^ Gafken PR, Lampe PD (2006). "Metodologías para la caracterización de fosfoproteínas mediante espectrometría de masas". Comunicación y adhesión celular . 13 (5–6): 249–62. doi :10.1080/15419060601077917. PMC 2185548 . PMID  17162667. 
  57. ^ Thompson A, Schäfer J, Kuhn K, Kienle S, Schwarz J, Schmidt G, Neumann T, Johnstone R, Mohammed AK, Hamon C (abril de 2003). "Etiquetas de masa en tándem: una nueva estrategia de cuantificación para el análisis comparativo de mezclas de proteínas complejas mediante MS/MS". Química analítica . 75 (8): 1895–904. doi :10.1021/ac0262560. PMID  12713048.
  58. ^ Li, Jiaming; Van Vranken, Jonathan G.; Pontano Vaités, Laura; Schweppe, Devin K.; Huttlin, Edward L.; Étienne, Chris; Nandhikonda, Premchendar; Viner, Rosa; Robitaille, Aaron M.; Thompson, Andrew H.; Kuhn, Karsten; Pike, Ian; Bomgarden, Ryan D.; Rogers, John C.; Gygi, Steven P. (abril de 2020). "Reactivos TMTpro: un conjunto de etiquetas de masa de etiquetado isobárico permite mediciones simultáneas de todo el proteoma en 16 muestras". Métodos de la naturaleza . 17 (4): 399–404. doi :10.1038/s41592-020-0781-4. ISSN  1548-7105. PMC 7302421 . PMID  32203386. 
  59. ^ Li, Jiaming; Cai, Zhenying; Bomgarden, Ryan D.; Pike, Ian; Kuhn, Karsten; Rogers, John C.; Roberts, Thomas M.; Gygi, Steven P.; Paulo, Joao A. (7 de mayo de 2021). "TMTpro-18plex: el conjunto ampliado y completo de reactivos TMTpro para multiplexación de muestras". Revista de investigación del proteoma . 20 (5): 2964–2972. doi :10.1021/acs.jproteome.1c00168. ISSN  1535-3893. PMC 8210943 . PMID  33900084. 
  60. ^ Derks, Jason; Leduc, Andrés; Wallmann, Georg; Huffman, R. Gray; Willetts, Mateo; Khan, Saad; Specht, Harrison; Ralser, Markus; Demichev, Vadim (22 de marzo de 2022), Aumento del rendimiento de proteómica sensible mediante plexDIA, doi :10.1101/2021.11.03.467007 , consultado el 14 de abril de 2024
  61. ^ Derks, Jason; Leduc, Andrés; Wallmann, Georg; Huffman, R. Gray; Willetts, Mateo; Khan, Saad; Specht, Harrison; Ralser, Markus; Demichev, Vadim; Slavov, Nikolai (enero de 2023). "Aumento del rendimiento de proteómica sensible mediante plexDIA". Biotecnología de la Naturaleza . 41 (1): 50–59. doi :10.1038/s41587-022-01389-w. ISSN  1546-1696. PMC 9839897 . PMID  35835881. 
  62. ^ Derks, Jason; Slavov, Nikolai (3 de marzo de 2023). "Estrategias para aumentar la profundidad y el rendimiento del análisis de proteínas mediante plexDIA". Revista de investigación del proteoma . 22 (3): 697–705. doi :10.1021/acs.jproteome.2c00721. ISSN  1535-3893. PMC 9992289 . PMID  36735898. 
  63. ^ Slavov, Nikolai (enero de 2022). "Ampliación de la proteómica unicelular". Proteómica molecular y celular . 21 (1): 100179. doi : 10.1016/j.mcpro.2021.100179. ISSN  1535-9476. PMC 8683604 . PMID  34808355. 
  64. ^ Wallmann, Georg; Leduc, Andrés; Slavov, Nikolai (6 de octubre de 2023). "Optimización basada en datos de la espectrometría de masas DIA mediante DO-MS". Revista de investigación del proteoma . 22 (10): 3149–3158. doi : 10.1021/acs.jproteome.3c00177. ISSN  1535-3893. PMC 10591957 . PMID  37695820. 
  65. ^ Slavov, Nikolai (5 de noviembre de 2021). "Impulsando la proteómica unicelular con innovación". Revista de investigación del proteoma . 20 (11): 4915–4918. doi :10.1021/acs.jproteome.1c00639. ISSN  1535-3893. PMC 8571067 . PMID  34597050. 
  66. ^ Gato, Laurent; Aebersold, Ruedi; Cox, Jürgen; Demichev, Vadim; Derks, Jason; Emmott, Eduardo; Francos, Alejandro M.; Ivanov, Alexander R.; Kelly, Ryan T.; Khoury, Lucas; Leduc, Andrés; MacCoss, Michael J.; Nemes, Pedro; Perlman, David H.; Petelski, Aleksandra A. (marzo de 2023). "Recomendaciones iniciales para realizar, comparar e informar experimentos de proteómica unicelular". Métodos de la naturaleza . 20 (3): 375–386. doi :10.1038/s41592-023-01785-3. ISSN  1548-7105. PMC 10130941 . PMID  36864200. 
  67. ^ Angel TE, Aryal UK, Hengel SM, Baker ES, Kelly RT, Robinson EW, Smith RD (mayo de 2012). "Proteómica basada en espectrometría de masas: capacidades existentes y direcciones futuras". Reseñas de la sociedad química . 41 (10): 3912–28. doi :10.1039/c2cs15331a. PMC 3375054 . PMID  22498958. 
  68. ^ Hardouin J (2007). "Información de la secuencia de proteínas mediante espectrometría de masas de desorción / ionización láser asistida por matriz en la fuente". Reseñas de espectrometría de masas . 26 (5): 672–82. Código Bib : 2007MSRv...26..672H. doi :10.1002/mas.20142. PMID  17492750.
  69. ^ Shadforth I, Crowther D, Bessant C (noviembre de 2005). "Algoritmos de identificación de proteínas y péptidos que utilizan MS para su uso en tuberías automatizadas de alto rendimiento". Proteómica . 5 (16): 4082–95. doi :10.1002/pmic.200402091. PMID  16196103. S2CID  38068737.
  70. ^ Mørtz E, O'Connor PB, Roepstorff P, Kelleher NL, Wood TD, McLafferty FW, Mann M (agosto de 1996). "Identificación de etiquetas de secuencia de proteínas intactas comparando datos del espectro de masas en tanden con bases de datos de secuencia". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 93 (16): 8264–7. Código bibliográfico : 1996PNAS...93.8264M. doi : 10.1073/pnas.93.16.8264 . PMC 38658 . PMID  8710858. 
  71. ^ Roepstorff P, Fohlman J (noviembre de 1984). "Propuesta de nomenclatura común para secuenciar iones en espectros de masas de péptidos". Espectrometría de masas biomédica . 11 (11): 601. doi : 10.1002/bms.1200111109. PMID  6525415.
  72. ^ Johnson RS, Martin SA, Klaus Biemann (diciembre de 1988). "Fragmentación inducida por colisión de iones (M + H) + de péptidos. Iones de secuencia específica de cadena lateral". Revista internacional de espectrometría de masas y procesos iónicos . 86 : 137-154. Código bibliográfico : 1988IJMSI..86..137J. doi :10.1016/0168-1176(88)80060-0.
  73. ^ Falick AM, Hines WM, Medzihradszky KF, Baldwin MA, Gibson BW (noviembre de 1993). "Iones de baja masa producidos a partir de péptidos mediante disociación inducida por colisión de alta energía en espectrometría de masas en tándem". Revista de la Sociedad Estadounidense de Espectrometría de Masas . 4 (11): 882–93. doi :10.1016/1044-0305(93)87006-X. PMID  24227532. S2CID  38931760.
  74. ^ Downard KM, Biemann K (enero de 1995). "Iones de secuencia específica de metionina formados por la disociación de péptidos protonados a altas energías de colisión". Revista de espectrometría de masas . 30 (1): 25–32. Código Bib : 1995JMSp...30...25D. doi :10.1002/jms.1190300106.
  75. ^ Zaia J (2004). "Espectrometría de masas de oligosacáridos". Reseñas de espectrometría de masas . 23 (3): 161–227. Código Bib : 2004MSRv...23..161Z. doi :10.1002/mas.10073. PMID  14966796.
  76. ^ Bruno Domón; Catalina E. Costello (1988). "Una nomenclatura sistemática para fragmentaciones de carbohidratos en espectros de glicoconjugados FAB-MS / MS". Glicoconj. J.5 (4): 397–409. doi :10.1007/BF01049915. S2CID  206787925.
  77. ^ Spina E, Cozzolino R, Ryan E, Garozzo D (agosto de 2000). "Secuenciación de oligosacáridos mediante espectrometría de masas de ionización / desorción láser asistida por matriz de disociación inducida por colisión". Revista de espectrometría de masas . 35 (8): 1042–8. Código Bib : 2000JMSp...35.1042S. doi :10.1002/1096-9888(200008)35:8<1042::AID-JMS33>3.0.CO;2-Y. PMID  10973004.
  78. ^ Banoub JH, Newton RP, Esmans E, Ewing DF, Mackenzie G (mayo de 2005). "Desarrollos recientes en espectrometría de masas para la caracterización de nucleósidos, nucleótidos, oligonucleótidos y ácidos nucleicos". Reseñas químicas . 105 (5): 1869–915. doi :10.1021/cr030040w. PMID  15884792.
  79. ^ Thomas B, Akoulitchev AV (marzo de 2006). "Espectrometría de masas de ARN". Tendencias en Ciencias Bioquímicas . 31 (3): 173–81. doi :10.1016/j.tibs.2006.01.004. PMID  16483781.
  80. ^ Wu J, McLuckey SA (2004). "Fragmentación en fase gaseosa de iones oligonucleótidos". Revista internacional de espectrometría de masas . 237 (2–3): 197–241. Código Bib : 2004IJMSp.237..197W. doi :10.1016/j.ijms.2004.06.014.
  81. ^ Tarini BA (agosto de 2007). "La revolución actual en el cribado neonatal: nueva tecnología, viejas controversias". Archivos de Pediatría y Medicina del Adolescente . 161 (8): 767–72. doi :10.1001/archpedi.161.8.767. PMID  17679658.
  82. ^ Kayton A (2007). "Cribado de recién nacidos: una revisión de la literatura". Red Neonatal . 26 (2): 85–95. doi :10.1891/0730-0832.26.2.85. PMID  17402600. S2CID  28372085.
  83. ^ Chace DH, Kalas TA, Naylor EW (noviembre de 2003). "Uso de espectrometría de masas en tándem para la detección de múltiples analitos de muestras de sangre seca de recién nacidos". Química Clínica . 49 (11): 1797–817. doi : 10.1373/clinchem.2003.022178 . PMID  14578311.
  84. ^ Hoang, Corey; Uritboonthai, Winnie; Hoang, Linh; Billings, Elizabeth M.; Aisporna, Aries; Nia, Farshad A.; Derks, Rico JE; Williamson, James R.; Giera, Martín; Siuzdak, Gary (26 de marzo de 2024). "Espectrometría de masas en tándem entre plataformas". Química analítica . 96 (14): 5478–5488. doi : 10.1021/acs.analchem.3c05576 . ISSN  0003-2700. PMC 11007677 . PMID  38529642. 
  85. ^ Ángel, Thomas E.; Aryal, Uma K.; Hengel, Shawna M.; Panadero, Erin S.; Kelly, Ryan T.; Robinson, Errol W.; Smith, Richard D. (21 de mayo de 2012). "Proteómica basada en espectrometría de masas: capacidades existentes y direcciones futuras". Reseñas de la sociedad química . 41 (10): 3912–3928. doi :10.1039/c2cs15331a. ISSN  0306-0012. PMC 3375054 . PMID  22498958. 
  86. ^ Han, Xuemei; Aslanian, Aarón; Yates, John R. (octubre de 2008). "Espectrometría de masas para proteómica". Opinión actual en biología química . 12 (5): 483–490. doi :10.1016/j.cbpa.2008.07.024. ISSN  1367-5931. PMC 2642903 . PMID  18718552. 

Bibliografía

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