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Adquisición independiente de datos

En espectrometría de masas , la adquisición independiente de datos ( DIA ) es un método de determinación de la estructura molecular en el que todos los iones dentro de un rango m/z seleccionado se fragmentan y analizan en una segunda etapa de espectrometría de masas en tándem . [1] [2] Los espectros de masas en tándem se adquieren fragmentando todos los iones que ingresan al espectrómetro de masas en un momento dado (llamado DIA de banda ancha) o aislando y fragmentando secuencialmente rangos de m/z . [3] DIA es una alternativa a la adquisición dependiente de datos (DDA), donde se selecciona y analiza un número fijo de iones precursores mediante espectrometría de masas en tándem .

Banda ancha

Uno de los primeros enfoques de DIA fue un método de disociación entre boquilla y skimmer llamado disociación inducida por colisión de escopeta (CID). [4] [5] La fragmentación puede ocurrir en la fuente de iones del espectrómetro de masas aumentando el voltaje de la boquilla-desnatador en la ionización por electropulverización .

MS E es una técnica DIA de banda ancha que utiliza CID de baja energía y CID de alta energía alternados. El CID de baja energía se utiliza para adquirir espectros de masas de iones precursores , mientras que el CID de alta energía se utiliza para obtener información de iones producto mediante espectrometría de masas en tándem. [5]

Análisis de los datos

El análisis de datos suele ser un desafío para los métodos DIA, ya que los espectros de iones de fragmentos resultantes están altamente multiplexados. Por lo tanto, en los espectros DIA, la relación directa entre un ion precursor y sus iones fragmentados se pierde, ya que los iones fragmentados en los espectros DIA pueden resultar potencialmente de múltiples iones precursores (cualquier ion precursor presente en el rango m/z del cual se derivó el espectro DIA). .

Un enfoque para el análisis de datos DIA intenta utilizar motores de búsqueda basados ​​en bases de datos utilizados en la adquisición dependiente de datos para buscar los espectros multiplexados producidos. [4] [6] Este enfoque se puede mejorar asignando iones de fragmentos individuales a iones precursores observados en escaneos de iones precursores, utilizando el perfil de elución de los iones de fragmentos y los iones precursores, y luego buscando los "pseudoespectros" resultantes. [5]

Un segundo enfoque para el análisis de datos DIA se basa en un análisis dirigido, también conocido como SWATH-MS (Adquisición secuencial en ventana de todos los espectros de masas de iones de fragmentos teóricos). [7] Este enfoque utiliza la extracción dirigida de trazas de iones de fragmentos directamente para la identificación y cuantificación sin un intento explícito de demultiplexar los espectros de iones de fragmentos DIA.

Ver también

Referencias

  1. ^ Doerr, Allison (2014). "Espectrometría de masas DIA". Métodos de la naturaleza . 12 (1): 35. doi :10.1038/nmeth.3234. ISSN  1548-7091. S2CID  83712891.
  2. ^ Ley, Kai Pong; Lim, Yoon Pin (2014). "Avances recientes en espectrometría de masas: análisis independiente de datos y seguimiento de hiperreacciones". Revisión de expertos en proteómica . 10 (6): 551–566. doi :10.1586/14789450.2013.858022. ISSN  1478-9450. PMID  24206228. S2CID  29969570.
  3. ^ Chapman, John D.; Goodlett, David R.; Masselon, Christophe D. (2014). "Espectrometría de masas en tándem multiplexada e independiente de datos para la elaboración de perfiles de proteoma global". Reseñas de espectrometría de masas . 33 (6): 452–470. Código Bib : 2014MSRv...33..452C. doi :10.1002/mas.21400. ISSN  0277-7037. PMID  24281846.
  4. ^ ab Purvine, Samuel; Eppel, Jason-Thomas; Yi, Eugene C.; Goodlett, David R. (2003). "Disociación de péptidos inducida por colisión de escopeta utilizando un analizador de masas de tiempo de vuelo". Proteómica . 3 (6): 847–850. doi :10.1002/pmic.200300362. ISSN  1615-9853. PMID  12833507. S2CID  31639003.
  5. ^ abcPlomada , Robert S.; Johnson, Kelly A.; Rainville, Paul; Smith, Brian W.; Wilson, Ian D.; Castro-Pérez, José M.; Nicholson, Jeremy K. (2006). "UPLC/MSE; un nuevo enfoque para generar información de fragmentos moleculares para la dilucidación de la estructura de biomarcadores". Comunicaciones rápidas en espectrometría de masas . 20 (13): 1989–1994. Código Bib : 2006RCMS...20.1989P. doi :10.1002/rcm.2550. ISSN  0951-4198. PMID  16755610.
  6. ^ Venable JD, Dong MQ, Wohlschlegel J, Dillin A, Yates JR (2004). "Enfoque automatizado para el análisis cuantitativo de mezclas de péptidos complejos a partir de espectros de masas en tándem". Nat. Métodos . 1 (1): 39–45. doi : 10.1038/nmeth705. PMID  15782151. S2CID  9780065.
  7. ^ Gillet LC, Navarro P, Tate S, Röst H, Selevsek N, Reiter L, Bonner R, Aebersold R (2012). "Extracción de datos dirigida de los espectros MS/MS generados mediante adquisición independiente de datos: un nuevo concepto para el análisis del proteoma consistente y preciso". Mol. Celúla. Proteómica . 11 (6): O111.016717. doi : 10.1074/mcp.O111.016717 . PMC 3433915 . PMID  22261725. 

Otras lecturas