La proteómica ascendente es un método común para identificar proteínas y caracterizar sus secuencias de aminoácidos y modificaciones postraduccionales mediante digestión proteolítica de proteínas antes del análisis por espectrometría de masas . [1] [2] El principal flujo de trabajo alternativo utilizado en proteómica se llama proteómica de arriba hacia abajo, donde las proteínas intactas se purifican antes de la digestión y/o fragmentación, ya sea dentro del espectrómetro de masas o mediante electroforesis 2D. [3] Esencialmente, la proteómica ascendente es un medio relativamente simple y confiable para determinar la composición proteica de una muestra determinada de células, tejidos, etc. [4]
En la proteómica ascendente, el extracto de proteína cruda se digiere enzimáticamente, seguido de una o más dimensiones de separación de los péptidos mediante cromatografía líquida acoplada a espectrometría de masas, una técnica conocida como proteómica de escopeta . [5] [6] Al comparar las masas de los péptidos proteolíticos o sus espectros de masas en tándem con las predichas a partir de una base de datos de secuencias o un espectro de péptidos anotado en una biblioteca de espectros de péptidos , se pueden identificar péptidos y se pueden ensamblar múltiples identificaciones de péptidos en una identificación de proteínas.
Para los métodos ascendentes de alto rendimiento, existe una mejor separación inicial de péptidos en comparación con las proteínas y una mayor sensibilidad que los métodos descendentes (sin gel). [7]
Existe una cobertura limitada de secuencias de proteínas por parte de péptidos identificados, pérdida de PTM lábiles y ambigüedad del origen de secuencias peptídicas redundantes. [7] Recientemente, la combinación de proteómica ascendente y descendente, denominada proteómica media-abajo, está recibiendo mucha atención ya que este enfoque no sólo se puede aplicar al análisis de grandes fragmentos de proteínas sino que también evita secuencias peptídicas redundantes. . [8]