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Etiqueta de secuencia de péptidos

Una etiqueta de secuencia de péptidos es un fragmento de información sobre un péptido obtenido mediante espectrometría de masas en tándem que se puede utilizar para identificar este péptido en una base de datos de proteínas . [1] [2] [3]

Espectrometría de masas

En general, los péptidos se pueden identificar fragmentándolos en un espectrómetro de masas . Por ejemplo, durante la disociación inducida por colisión, los péptidos chocan con un gas dentro del espectrómetro de masas y se rompen en pedazos en sus enlaces peptídicos . Los iones de fragmentos resultantes (llamados iones b e iones y) tienen diferencias de masa correspondientes a las masas de residuos de los respectivos aminoácidos . Por lo tanto, un espectro de masas en tándem contiene información parcial sobre la secuencia de aminoácidos del péptido. El enfoque de la etiqueta de secuencia de péptidos, desarrollado por Matthias Wilm y Matthias Mann en el EMBL , [4] utiliza esta información para identificar el péptido en una base de datos. Brevemente, se extraen un par de masas del espectro para obtener la etiqueta de secuencia de péptidos. Esta etiqueta de secuencia de péptidos es un identificador único de un péptido específico y se puede utilizar para encontrarlo en una base de datos que contenga todas las secuencias de péptidos posibles.

Notación de fragmentos peptídicos

Notación de fragmentación de péptidos utilizando el esquema de Roepstorff y Fohlman (1984). [5]

Se ha desarrollado una notación para indicar fragmentos de péptidos que surgen de un espectro de masas en tándem. [5] Los iones de fragmentos de péptidos se indican con a, b o c si la carga se mantiene en el extremo N y con x, y o z si la carga se mantiene en el extremo C. El subíndice indica el número de residuos de aminoácidos en el fragmento. Los símbolos primos indican el número de protones o hidrógenos agregados al fragmento para formar el ion observado. Por ejemplo, y'' denota el ion con carga simple análogo a un péptido protonado, (y''') 2+ es un ion con doble carga análogo a un péptido doblemente protonado. [6]

Véase también

Referencias

  1. ^ Hardouin J (2007). "Información de la secuencia de proteínas mediante espectrometría de masas de desintegración en fuente con desorción/ionización láser asistida por matriz". Mass Spectrometry Reviews . 26 (5): 672–82. Bibcode :2007MSRv...26..672H. doi :10.1002/mas.20142. PMID  17492750.
  2. ^ Shadforth I, Crowther D, Bessant C (2005). "Algoritmos de identificación de proteínas y péptidos mediante espectrometría de masas para su uso en procesos automatizados de alto rendimiento". Proteómica . 5 (16): 4082–95. doi :10.1002/pmic.200402091. PMID  16196103. S2CID  38068737.
  3. ^ Mørtz E, O'Connor PB, Roepstorff P, Kelleher NL, Wood TD, McLafferty FW, Mann M (1996). "Identificación de etiquetas de secuencia de proteínas intactas mediante la comparación de datos espectrales de masas en tánden con bases de datos de secuencias". Proc. Natl. Sci. USA . 93 (16): 8264–7. Bibcode :1996PNAS...93.8264M. doi : 10.1073/pnas.93.16.8264 . PMC 38658 . PMID  8710858. 
  4. ^ Mann M, Wilm M (1994). "Identificación tolerante a errores de péptidos en bases de datos de secuencias mediante etiquetas de secuencias de péptidos". Anal. Chem . 66 (24): 4390–9. doi :10.1021/ac00096a002. PMID  7847635.
  5. ^ ab Roepstorff P, Fohlman J (1984). "Propuesta de una nomenclatura común para iones de secuencia en espectros de masas de péptidos". Biomed. Mass Spectrom . 11 (11): 601. doi :10.1002/bms.1200111109. PMID  6525415.
  6. ^ Tang XJ, Thibault P, Boyd RK (octubre de 1993). "Reacciones de fragmentación de péptidos protonados de forma múltiple e implicaciones para la secuenciación por espectrometría de masas en tándem con disociación inducida por colisión de baja energía". Anal. Chem. 65 (20): 2824–34. doi :10.1021/ac00068a020. PMID  7504416.

Enlaces externos