Tras el fin de la guerra, Yamaji fue a Tokio, donde sería nombrado Teniente Coronel (陸軍中佐, Rikugun Chūsa?)

Sin embargo, sus futuros desencuentros con Itagaki le convencieron de regresar a su carrera militar.

), hasta ser ascendido a General de División (陸軍少将, Rikugun Shōshō?)

En mayo del año siguiente, sería elevado por el Emperador Meiji a barón (男爵, Danshaku?)

En agosto de 1895, su título fue elevado a vizconde (子爵, Shishaku?).