Sirvió como base para el desarrollo del Yakovlev Yak-42, avión que cuenta con un mayor tamaño y alas en flecha.
Aeroflot deseaba un único avión para sustituirlos a todos, así podía ahorrar en costes y en mantenimiento.
En 1973 se introduce la tercera serie, con mayor capacidad de pasajeros, y cambios en la cola del avión.
La cuarta y última serie fue introducida en 1975, con la carga útil aumentada y con la posibilidad de distribuir el interior en dos clases, o convertirlo en poco tiempo en un avión de carga.
La producción del Yakovlev Yak-40 finalizó en 1981, después de haberse construido 1.010 unidades.