Tras su paso por Chile, Francisco viajó a Perú, donde visitó las ciudades de Lima, Puerto Maldonado y Trujillo.

[6]​ La comisión organizadora señaló que se requerirán alrededor de 15 mil voluntarios, y que el costo del viaje papal rondaría los 6 millones de dólares; para reunir el monto requerido fue abierta una cuenta en el Banco Santander para recibir donaciones.

[9]​ Se determinó que la transmisión televisiva de las ceremonias religiosas y otros eventos relacionados con la visita serían realizadas en conjunto por cuatro canales de televisión abierta: TVN, Canal 13, Mega y Chilevisión, mediante una señal oficial común complementada con sus equipos propios.

[17]​ A la mañana siguiente, realizó una visita oficial al Palacio de La Moneda, donde fue recibido nuevamente por la presidenta Bachelet.

En la ocasión, Francisco se refirió a los abusos sexuales a menores al interior de la iglesia católica: Tras una reunión privada con Bachelet en el Salón Azul del Palacio de La Moneda, se trasladó a la explanada del parque O'Higgins, donde celebró su primera misa como papa en suelo chileno, la cual fue denominada «Misa por la paz y la justicia», y contó con 400 mil asistentes.

Allí tuvo una reunión reservada con víctimas de abusos sexuales, según confirmó Greg Burke durante la tarde.

[22]​ En dicho lugar se reunió en privado con los jesuitas chilenos, y oró sobre la tumba de san Alberto Hurtado.

Küme tünngün ta niemün» («Buenos días, la paz esté con ustedes»), y mediante una cita de Violeta Parra: «Arauco tiene una pena, que no la puedo callar, son injusticias de siglos que todos ven aplicar».

[31]​ La machi Francisca Linconao, acusada por la Fiscalía de participar en el asesinato del matrimonio Luchsinger-Mackay, intentó reunirse con el papa, pero la policía le impidió el acceso al almuerzo.

[33]​ Tras aterrizar en la capital chilena, se dirigió al Templo Votivo de Maipú, ubicado en la comuna homónima, donde sostuvo un encuentro con 45 mil jóvenes.

Allí, Francisco hizo analogías con los aparatos móviles, afirmando que «hay un momento en que sin darnos cuenta comienza a bajar nuestro ancho de banda, nuestro querer estar conectado con Jesús se empieza a perder y empezamos a quedarnos sin conexiones, sin batería», y que la contraseña para evitar esas situaciones era reflexionar la icónica frase del sacerdote Alberto Hurtado, «¿Qué haría Cristo en mi lugar?».

[38]​ Finalizada la ceremonia, se trasladó a Iquique en automóvil hasta la Rotonda Chipana, donde abordó el papamóvil, avanzando por las calles Arturo Prat, Capitán Roberto Pérez y alcalde Godoy.

[22]​ Durante el recorrido, un caballo que montaba una funcionaria de Carabineros se asustó con la comitiva papal, cayendo la policía y siendo golpeada por el papamóvil.

Advertido del accidente, Francisco hizo detener el vehículo y se acercó a la carabinera, quien solo sufrió contusiones.

A eso el Papa respondió: Dichas declaraciones generaron diversas reacciones de rechazo.

En el templo ubicado en Estación Central fueron dejados panfletos con mensajes contra la visita del Papa.

[56]​ En la noche también fue dejado un artefacto explosivo en la parroquia Jesús Maestro de Estación Central, el cual no alcanzó a detonar.

[59]​ La Fiscalía ha apuntado a los ataques hacia iglesias y recintos relacionados como una rearticulación del Movimiento Juvenil Lautaro.