El río Salado tiene su nacimiento en este término, debido al desagüe de las lagunas.
Los yacimientos de «San Tirso», «Pozuelos», «San Pedro» y «Villardón» presentan restos calcolíticos y romanos que nos indican la antigüedad de este poblamiento.
Durante la Edad Media, la riqueza de las salinas atrajo mucha población y convirtió esta comarca en un lugar muy apetecible para la Iglesia.
El conde Pedro Ordóñez donó en 1077 sus pausatas en Villarrín al Obispo de León.
Las crisis demográficas y la conquista de nuevos territorios con salinas se tradujo en un paulatino desinterés por la explotación salinera, con el consiguiente despoblamiento de sus aldeas que, con el tiempo, se fueron integrando en el término de Villarrín, como San Pedro Muélledes (que pertenecía a la Encomienda de Castrotorafe), San Tirso, Maladones, Falornia, Gamonal, Negrela y Oterino.