El viaducto fue calculado por el ingeniero Victorino Aurelio Lastarria, en la licitación para la construcción de la estructura metálica participaron 3 empresas francesas, entre ellas la empresa de Gustave Eiffel, esto podría explicar el mito en torno a que Eiffel fue el constructor.

Originalmente el puente se construyó con cuatro pilastras, pero debido al tráfico de nuevas locomotoras más grandes y pesadas a las consideradas inicialmente, se debió reforzar el viaducto, con esto obtuvo su diseño actual, con seis pilastras y refuerzos diagonales para mejorar la distribución de cargas.

[11]​ Posteriormente la inversión en construcción de ferrocarriles se ve reducida drásticamente debido a la crisis económica que afectaba al país y la guerra del Pacífico.

[19]​ El informe final de Flühmann, determinó que el principal obstáculo a vencer era el cruce por el valle del Río Malleco.

Propuso además dos alternativas de trazados para el paso sobre la quebrada cercanos a Collipulli, su análisis concluyó en la recomendación del trazado azul que involucraba construir el viaducto de mayor altura, debido a las menores pendientes que deberían recorrer los trenes, señalando: Para definir el trazado para la línea longitudinal del ferrocarril, se promulgó un Decreto Supremo en enero de 1883, nombrando dos comisiones la primera de ella conformada por Benjamín Vivanco, Domingo Víctor Santa María, y Valentín Martínez.

Quienes en su informe descartaron el proyecto del trazado azul, por ser menos resistentes a los "sacudimientos de la tierra" y aceptaron la otra opción proponiendo modificaciones.

Con la autorización del Gobierno, envió los documentos a Alberto Blest Gana diplomático chileno en París.

[30]​ Una vez recibidos los planos, las explicaciones y un presupuesto aproximado, Blest Gana envío los documentos a 8 fábricas, de las cuales sólo 5 acusaron el recibo y mandaron a copiar los planos,[31]​ de estas empresas sólo tres enviaron respuestas.

[33]​ Para cerrar el trato Mayers viajó a Francia donde exigió condiciones al fabricante francés, con intenciones de que este último no concretara la obra.

Posteriormente los expertos concluyeron el aumentar 3,25 m la altura del riel obteniendo así la altitud final de la estructura.

[38]​ La segunda carga se transporta en la embarcación Étoile du Sud que zarpa desde el puerto de El Havre en marzo del mismo año.

Además, disputas entre los contratistas y el equipo técnico responsable que reclamaban mala calidad en los trabajos, [1]​ [41]​ paralizaron las obras en octubre de 1887.

En este nuevo escenario, mejoró el avance y la calidad del trabajo, pero los atrasos aún eran considerables.

Posteriormente, se llevó a cabo la verificación topográfica de los apoyos para asegurar su correcta ubicación.

[46]​ El lanzamiento de la viga se la superestructura comenzó desde el lado norte pasando por cada pilar hasta llegar al estribo sur.

[47]​ La inauguración fue postergada numerosas veces, la última debido a una crisis ministerial por la renuncia los secretarios de estado.

[52]​ Se instalaron refuerzos diagonales entre la viga y las torres para que la estructura soportara el peso de locomotoras más modernas.