Sus herederos, solicitaron licencia del Papa Julio III, para la fundación de un Colegio-Universidad.

En 1716 realizó una visita de inspección a la misma Luis Salazar y Castro.

El plan fue aprobado, pero al establecimiento universitario almagreño se le obligó a poseer profesores capacitados y a informar al Consejo cuando se produjera la contratación de los mismos.

[4]​ En 1807 José Antonio Caballero cerró por decreto todas las universidades menores que no tuvieran suficientes rentas para mantener dignamente los estudios, y entre ellas la de Almagro junto a las de Toledo, Osma, Oñate, Orihuela, Ávila, Irache, Baeza, Osuna, Gandía y Sigüenza.

El edificio fue usado posteriormente como molino de aceite, todos sus bienes y diversas partes fueron vendidas, sufrió diversos incendios, y finalmente fue convertido en fábrica de muebles.

Responde a la tipología utilizada por las órdenes mendicantes de franciscanos y dominicos durante el siglo XVI.

Situadas a ambos lados hay cinco capillas, hornacinas simétricas que se comunicaban entre sí por los llamados atajos o arcos de comunicación.

Esta síntesis morisca y gótica es evidente no solo en las cubiertas sino también en la concepción de las ventanas que comprenden desde la plenamente gótica del crucero con arco ojival y tracería, a las correspondientes en los laterales de la nave.

En ellas son apreciables las nuevas corrientes renacentistas pues su traza se efectúa ya con arcos de medio punto.