En la primera fase, esta sección actuó en contra de la propaganda comunista, pero extendió sus responsabilidades en otras direcciones, tanto en Japón como en el extranjero.Promovió la creencia en la supremacía racial japonesa, teorías racistas, contraespionaje, investigación, sabotaje político e infiltración en las líneas enemigas.[2] Algunos prisioneros de guerra estadounidenses y europeos igualmente murieron a manos del Escuadrón 731.Muchos de los científicos implicados en la Unidad 731 continuaron con sus prominentes carreras en política, educación, negocios y medicina.[7] Los científicos japoneses realizaron pruebas sobre los prisioneros centrándose en torno a la peste bubónica, cólera, viruela, botulismo y otras enfermedades.La base del Escuadrón 731 ocupaba 6 km² y consistía en más de ciento cincuenta edificios.Algunos edificios satelitales del Escuadrón 731 aún existen y están abiertos al público, mientras que en otros funcionan fábricas de diversas empresas chinas.Allí había alrededor de cuatro mil quinientos recipientes que se utilizaban para criar a las pulgas, seis calderas gigantes para producir diversas sustancias químicas y alrededor de mil ochocientos contenedores para producir agentes biológicos.Esta instalación se dedicó al estudio de vacunas para proteger los recursos animales japoneses y, especialmente, a la guerra biológica veterinaria.Esta instalación encabezó la experimentación sobre privación de alimentos y agua a humanos, así como la transmisión hídrica del tifus.Formado en 1942, por Naito Ryoichi, el Escuadrón 9420 tuvo aproximadamente mil trabajadores con base en la Universidad Médica Raffles.Una fábrica altamente confidencial en la isla Ōkunoshima produjo las armas químicas para las unidades militares y médicas japonesas.Esta unidad fue asociada directamente con el Escuadrón 731 y trabajó principalmente en la investigación de la peste.Esta sección, con sede desconocida, era otra unidad que trabajó directa y extensivamente con el Escuadrón 731.Se ha insinuado que la investigación nuclear fue dirigida en Manchuria hacia el final de la guerra por esta división.Los Estados Unidos creía que los datos de la investigación tenían valor porque los aliados nunca procesaron o condenaron públicamente tales experimentos en humanos, debido a la aversión moral y política.Estados Unidos tampoco deseó que otras naciones, como la Unión Soviética, adquirieran los datos sobre armas biológicas, sin mencionar las ventajas militares de tal investigación.El tema no fue investigado más allá por Sutton, que estaba probablemente enterado de las actividades del Escuadrón 731.Una transcripción parcial muy larga de los procedimientos del juicio fue publicada en diversos idiomas al año siguiente por una agencia periodística moscovita en idiomas extranjeros, incluyendo una edición en inglés: Materials on the Trial of Former Servicemen of the Japanese Army Charged with Manufacturing and Employing Bacteriological Weapons (Moscow: Foreign Languages Publishing House, 1950).
