[1]​ La cintura escapular de Unenlagia se interpretó originalmente como si estuviera adaptada para aletear, con una escápula plana colocada encima de la caja torácica, lo que hace que la articulación del hombro apunte más lateralmente.

El nombre del género deriva del mapuche uñùm, pájaro, y llag, mitad, en referencia a que los descriptores consideraban a la especie como un nexo entre las aves y los terópodos más basales.

El nombre de la especie hace referencia al Comahue, región donde se realizó el hallazgo.

[1]​ El espécimen holotipo, MCF PVPH 78, fue descubierto en capas de la Formación Portezuelo que datan del Coniaciense.

Sin embargo, en 1999 Mark Norell y Peter Makovicky afirmaron que Unenlagia era miembro de Dromaeosauridae.

[11]​[12]​ Unenlagia habría pertenecido al clado de dromeosáuridos de Gondwana extremadamente parecido a un pájaro llamado Unenlagiinae y estaría estrechamente relacionado con especies como Buitreraptor y Neuquenraptor, que podría ser la misma especie que Unenlagia .

En 2011 Novas y Federico Agnolín publicaron un estudio en el que se posicionaba un Unenlagiidae dentro de Avialae.

Troodontidae Dromaeosauridae Microraptoria Austroraptor Buitreraptor Unenlagia Overoraptor Rahonavis Alcmonavis Wellnhoferia Archaeopteryx Xiaotingia Anchiornis Jeholornis Pygostylia