Finalmente, la purificación debe ser hecha por la sedimentación de equilibrio, y la capa deseada es extraída para un futuro análisis.
Luego, la licuadora, conectada a un rotor de alta velocidad, es insertada en el contenedor que lleva la muestra, presionando la muestra de tejido triturado contra las paredes del contenedor.
Una ultracentrifugadora consiste en una cámara al vacío y refrigerada que contiene un rotor, el cual es manejado por un motor eléctrico capaz de girar a alta velocidad.
Las muestras son ubicadas en tubos que se encuentran dentro del rotor o sujetos a este.
Cada vez, una porción de diferente densidad es precipitada a la parte inferior del tubo y es extraída.
Algunos pasos adicionales pueden realizarse para refinar aún más cada uno de los precipitados obtenidos.
El método consiste en centrifugar preparaciones biológicas (u otras preparaciones) a altas fuerzas g por largos periodos de tiempo en soluciones que contienen cantidades variadas de una molécula viscosa.
Después, las partículas a separar son añadidas al gradiente y luego centrifugadas.
Cada partícula es procesada (igualmente arriba o abajo) hasta que alcance un ambiente de densidad comparable.
Esta fracción puede luego ser removida y sometida a un análisis adicional.
A diferencia de la centrifugación estándar, la cual en efecto acumula las partículas contra la parte inferior del tubo, este método no genera estrés mecánico y por ende permite obtener las partículas morfológicamente intactas.
La partícula deseada estará a una distancia fija (ojalá conocida) de la superficie y tal banda del gradiente es recogida (en ocasiones llamada “fracción”).
Una vez termina la ejecución, la recolección de las partículas se puede realizar por muchos métodos.
Quizá la manera más fácil es eluir la solución de sacarosa perforando la parte inferior del tubo y solamente se mantiene la parte que contiene el material o la proteína deseada.
Estas pueden ser analizadas por cualquiera de los métodos mencionados para determinar la distribución del material deseado, lo cual permite escoger la fracción que contiene dicho material o molécula.