El protectorado de Uganda (en inglés y oficialmente, Uganda Protectorate) fue un protectorado británico establecido en 1894, cuando la Compañía Británica de África Oriental transfirió la administración del territorio —que principalmente estaba compuesto por el reino de Buganda, junto a otros pequeños reinos como Toro, Bunyoro, Busoga y Nkole — al Gobierno Británico.
Es entonces cuando se establece una nueva bandera para el Protectorado, basada también en el pabellón azul británico pero con un disco que contiene en su interior una grulla coronada cuelligrís, ave nacional de Uganda.
También se empleaba el mismo diseño con el pabellón rojo en buques de navegación civil dentro del lago Victoria, entre otros usos.
El verde simboliza la vegetación del territorio, el azul el río Nilo y el amarillo el sol.
Como el verde era el color oficial del Partido Democrático, la bandera no gustó al Congreso Popular de Uganda, liderado por Milton Obote, por lo que cuando un mes después este último ganó las elecciones, la bandera fue descartada a favor de un diseño basado en los colores de su partido, con seis franjas horizontales, dos negras, dos amarillas y dos rojas, representando respectivamente a la gente del país, al despertar de África y a la hermandad africana, y en el centro un disco conteniendo al ave nacional, diseño que fue adoptado formalmente el 9 de octubre de 1962.