En este cargo Obote se implicó en el contrabando de oro, junto a Idi Amin.

[1]​ En 1971 fue derrocado por el golpe militar dirigido por su propio colaborador y colega en el contrabando de oro, Idi Amin.

Se exilió en Tanzania, donde fue bien acogido por su buenas relaciones con el entonces presidente de ese país, Julius Nyerere.

El país tanzano, que poseía un ejército netamente superior, contrarrestó rápidamente el ataque e intervino en Uganda, derrocando a Idi Amin.

Su política represiva reavivó la guerra civil ya iniciada por Amin, y en medio de la cual surgen grupos guerrilleros que atacan a su gobierno, como los dirigidos por Yoweri Museveni, quien utiliza refugiados tutsis para combatirlo.