Al principio la búsqueda no daba resultados, hasta que los dispositivos de profundidad de rastreo del USNS Mizar permitieron avistar los restos del USS Scorpion sobre el fondo oceánico y determinar que el USS Scorpion se había hundido en el Océano Atlántico a 470 km al suroeste de las islas Azores.

Las causas del siniestro nunca han sido esclarecidas y solo existen conjeturas, entre las cuales se incluye un enfrentamiento con un submarino soviético.

[6]​ El USS Scorpion es uno de los dos submarinos nucleares que ha perdido hasta la fecha la Armada estadounidense.

[7]​ Después del accidente, se formó un comité de investigación compuesto por siete oficiales.

Desde el principio, la Marina negó categóricamente la posibilidad de que el Scorpion pudiera haber sido hundido por un submarino enemigo.

Se considera relativamente improbable que un error mecánico a bordo pudiera haber provocado el naufragio.

Los rumores de fallos mecánicos fueron alimentados principalmente por el mal estado en que se encontraba el Scorpion antes del último viaje.

Shade teorizó que el submarino se inundó cuando se puso en funcionamiento al TDU a una profundidad de periscopio y que otros fallos posteriores de material o personal al tratar con las inundaciones inducidas por la TDU condujeron a la desaparición del submarino.

[8]​ Durante mucho tiempo, la causa más probable del accidente fue la activación accidental de un torpedo, llamada carrera en caliente.

El libro publicado por periodistas del New York Times en 1998 Blind Man's Bluff documenta los hallazgos y la investigación del Dr. John Craven, quien supuso que una causa probable podría haber sido el sobrecalentamiento de una batería defectuosa.

En su libro La guerra silenciosa, relata haber realizado una simulación con el ex oficial ejecutivo del Scorpion, Teniente Comandante Robert Fountain, Jr.

Fountain ordenó procedimientos de emergencia para sacar a la superficie la nave, dijo la Dra.

Especialmente en el contexto de las vibraciones que se han producido a bordo del Scorpion.

La advertencia sobre estas baterías se produjo unos días antes de que el Scorpion regresara a Norfolk.

Veinte años más tarde, Craven se enteró de que el submarino podría haber sido destruido por un "torpedo en marcha".

También se argumenta que mediante un helicóptero soviético, el Scorpion fue atraído primero con señales de sonar y luego torpedeado.

Los partidarios de esta teoría ven otra razón para un posible hundimiento del Scorpion en el accidente que ocurrió dos meses antes a bordo del submarino soviético de la clase Golf, el K-129 en el Pacífico (sobre este submarino fue planteado más tarde el Proyecto Azorian por la CIA).