El tribunal tuvo, sin embargo, una corta existencia, pues las únicas elecciones federales en las que participó reflejaron su «fracaso total», al ser ignoradas sus recomendaciones.

[4]​ Para Barquín, estas modificaciones hacían compatibles el «sistema de autocalificación y la jurisdicción contenciosa-electoral del órgano especializado».

El dictamen resultante debía ser aprobado y turnado al Senado de la República.

Se estipulaba que en los recesos parlamentarios la Comisión Permanente sería la encargada de los nombramientos.

[10]​ No obstante, durante su corta existencia el tribunal estuvo integrado solamente por una generación de magistrados (1986-1990).

[1]​ González Salas (1996) detalla que en las etapas preparatorias eran ciudadanos, partidos, candidatos y asociaciones políticas quienes podían presentar los tres recursos.

[1]​[10]​ Por sus facultades, el organismo presentaba una «debilidad congénita» dado que los colegios electorales podían o no tomar en cuenta sus resoluciones.

[13]​ Para Gómez Tagle (1990), en 1986 se expresó «la demanda del sufragio efectivo con el fin de dar vigencia a los procesos electorales para acceder al poder político».

[15]​ Poco después del nombramiento de los magistrados del tribunal, dos de los integrantes, José Luis de la Peza y Emilio Krieger Vázquez, señalaron a Proceso en que el propósito del organismo era «dar credibilidad al proceso electoral», aunque era necesario esperar y ver cómo eran recibidas las resoluciones.

[16]​ Para el propio magistrado, era un «órgano público colegiado», en el que el adjetivo «autónomo» hacía referencia a que no dependía de ninguno de los tres poderes, aunque el legislativo designaba sus integrantes, el ejecutivo su presupuesto y tampoco era un organismo del poder judicial «a pesar de las funciones jurisdiccionales» que tenía.

[18]​ El tribunal significó, por tanto, un procedimiento «complementario», al seguir en funciones los mecanismos de autocalificación para los comicios legislativos.

[14]​ Por su parte, Krieger (1989) asegura que la «ineficacia» del tribunal, impedido legalmente de intervenir en la jornada electoral, le obligó a simplemente «contemplar con "perplejidad institucional"».

[17]​ El tribunal fue «severamente criticado»[4]​ y su actuar cuestionado al resultar «ineficaz ante el elevado nivel de conflicto que alcanzaron las elecciones».

No obstante, una mayoría se desecharon o declararon infundados y únicamente 64 resultaron fundados.

[4]​ Asimismo, en algunos casos el tribunal recomendó el análisis de las pruebas contenidas en los paquetes electorales para poder dictaminar.

[14]​ Solamente las documentales públicas eran admisibles como pruebas, por lo que era «difícil» probar irregularidades.