Es decir, dejó establecido que la antigua frontera virreinal sería solo una base referencial para un futuro trazado de límites.

Esto último no se concretó, pues poco después la Gran Colombia se fragmentó en tres estados (Venezuela, Nueva Granada y Ecuador), lo que implicaba la caducidad del tratado de Guayaquil.

Sin embargo, cabe destacar que, cuando fue dictador en el Perú (1823-1826), nunca planteó dicha devolución aun cuando tuvo la potestad de hacerlo.

Más bien, administró dichas provincias, como jefe del poder ejecutivo de la nación peruana, nombrando a sus gobernadores.

En octubre de 1821 se dispuso el respectivo juramento en toda la provincia, que eligió sus representantes al primer Congreso Constituyente del Perú.

La marina peruana, al mando del almirante Martín Guise, procedió a bloquear la costa pacífica grancolombiana, en agosto de 1828.

La flota peruana resultó victoriosa en los combates de Malpelo y Las Cruces.

Luego procedió a asediar el puerto artillado de Guayaquil.

Hay que recalcar que en ese combate solo fue derrotada la división de vanguardia del ejército peruano, mientras que el grueso de las fuerzas peruanas se mantuvo intacto e incluso, en la segunda fase del combate que fue favorable a las armas peruanas, un escuadrón peruano del Regimiento de Caballería Húsares de Junín logró contener la carga de la infantería y caballería colombianas, entre los que se encontraba el escuadrón Cedeño, cuyo jefe, Camacaro, murió en un duelo singular a manos del coronel peruano Domingo Nieto.

Punto importante de este convenio fue la desocupación por parte del ejército peruano, de Loja y Guayaquil, ya que, la Gran Colombia «no consentiría firmar un tratado mientras tropas enemigas ocupen su territorio».

La Gran Colombia reconocía así, implícitamente, la soberanía peruana en Tumbes, Jaén y Maynas, al no reclamarlas como territorio grancolombiano.

Sin embargo, la guerra tuvo un final abrupto con el golpe de Estado por parte del general Agustín Gamarra al gobierno del presidente La Mar, quien fue desterrado a Costa Rica.

El general Agustín Gamarra, ya como presidente provisorio del Perú, dio las instructivas en tal sentido.

Así quedó establecido en el Artículo 5 del Tratado: Es decir, estableció que como referente básico para una delimitación definitiva se consideraran las fronteras virreinales, pudiendo hacerse pequeñas modificaciones de común acuerdo, para facilitar dicho trabajo.

Y, en cuanto al procedimiento para realizar dicha delimitación, en los Artículos 6 y 7 dispuso que se debería nombrar una Comisión de dos personas por cada República para que recorrieran, rectificaran y fijasen la línea divisoria, trabajos que se debían iniciar 40 días más tarde de haber sido ratificado el tratado por ambos países.

Disuelta la Gran Colombia, Mosquera dio por terminada su misión en Lima sin haber tenido éxito y retornó a su patria.

Esta intransigencia originó el largo conflicto peruano-ecuatoriano que no se vería resuelto sino hasta fines del siglo XX.