Después creó su propio juego de carreras, Daytona USA, donde fue productor, director y diseñador jefe.
Después de la colaboración con Nintendo en F-Zero GX, Nagoshi afirmó haber recibido una llamada de Nintendo, solicitando el código fuente del juego y pidiéndole que explicara cómo hicieron ese juego.
Pudimos lograr algo mucho más alto de lo que Nintendo había esperado".
[7] En 2003, se produjeron cambios importantes en Sega, que consolidaron gran parte de sus estudios.
El primer título costó $21 millones para producir y la primera entrada de PlayStation 3, Ryū ga Gotoku Kenzan!
[11] En octubre de 2013, una vez que Sega Sammy compró Index Corporation en quiebra bajo la corporación shell, Sega Dream Corporation, Nagoshi fue nombrado miembro de la junta directiva del reformado Atlus.