Por desgracia, su vida aparentemente tranquila, se ve interrumpida en el momento en que se suceden ciertos acontecimientos que le obligarán a volver a adentrarse en el peligroso mundo de la mafia japonesa.
Hay una gran cantidad de misiones secundarias que proporcionan ciudadanos que tienen problemas y solicitan ayuda a Kazuma (cuando el jugador habla con ellos), recibir encargos o misiones especiales vía correos electrónicos al teléfono móvil de Kazuma (con peticiones como fotografiar personas, lugares o acontecimientos), entre otros parecidos.
También, el jugador puede tomar parte del ocio y el entretenimiento, acudiendo a centros recreativos como máquinas recreativas, billares, casinos, mesas de póker, cantar en karaokes, campeonatos de dardos, black jack o dados.
También permite la posibilidad de que Kazuma salga con chicas y concretar citas para conseguir novia.
Tampoco es posible participar en un mini juego situado en los recreativos de preguntas y respuestas sobre la cultura japonesa.
Antes estos descartes, Sega anunció que habían tomado esta decisión porque estas características no se ajustaban a los gustos occidentales.
Las distintas versiones y sus cambios se resumen a continuación: La crítica española ha sido bastante buena con Yakuza 3.