Sin embargo, los elevados costes probablemente se debieron a las dificultades de transporte y construcción en una isla desértica.
Sobre el pedestal se construyó una galería de mosquetería, pero esta ya no existe.
La torre estaba rodeada por un foso y un glacis, cuyos restos aún se pueden ver hoy.
Posteriormente, la Orden construiría también un cuartel en Comino, a poca distancia de la torre.
[7] En el siglo XVII, Comino era un lugar de prisión o destierro para los caballeros andantes.
Durante el bloqueo francés de 1798-1800, la torre de Santa María sirvió como prisión para los insurgentes malteses y sus aliados británicos, que encarcelaron a presuntos espías o simpatizantes franceses.