Si la empresa fracasase, los portugueses no podrían esperar refuerzos ni regresar a sus bases en la India.

[10]​ Desde entonces, el Rey Manuel mostró interés en establecer contacto con Malaca, creyendo que estaba en, o al menos cerca del, antimeridiano de Tordesillas.

La misión fue abortada una vez que fueron detectados y casi linchados en la costa de Coromandel, llegando por poco a Cochin en noviembre.

Sequeira recibió órdenes reales instruyéndole específicamente para que obtuviera permiso para abrir un puesto comercial y comerciar diplomáticamente, no para responder a ninguna provocación y no abrir fuego a menos que lo dispararan.

El Sultán concedió prontamente la autorización portuguesa para establecer un feitoria y proporcionó un edificio vacante para ese fin.

Temiendo las represalias de Albuquerque por apoyar previamente a Almeida, Sequeira rápidamente zarpó hacia Portugal.

Araújo detalló la fuerza militar del Sultán, la importancia estratégica de Malaca y su atroz cautiverio.

[21]​ Con Goa firmemente en manos portuguesas en diciembre, Vasconcelos insistió en que se le permitiera ir a Malaca, lo cual fue denegado.

Vasconcelos se amotinó e intentó zarpar contra las órdenes del gobernador por lo que fue encarcelado y sus pilotos ahorcados.

Durante el viaje al sudeste de Asia, la armada perdió una galera y una vieja carraca.

Pasando por Pacem, los portugueses encontraron un gran junco, más grande de hecho que su buque insignia, la «Flor do Mar».

El mismo Albuquerque le informaría al Rey que solo 4000 de ellos estaban listos para la batalla.

[26]​ Así, permaneció en la ciudad organizando su defensa, "sin darse cuenta del gran peligro en el que se estaba metiendo".

Mientras que la flota portuguesa bombardeó posiciones enemigas en la costa, la infantería remaba sus barcos en las playas a ambos lados del puente de la ciudad.

[29]​ Albuquerque aterrizó sus fuerzas al oeste del puente, conocido como Upeh, mientras que Dom João de Lima aterrizó en el lado este, Ilher, donde se encontraban el palacio del sultán y una mezquita.

Brevemente conmocionados, los Fidalgos portugueses levantaron sus picas y atacaron al elefante real, causando que se alejara en pánico, dispersando a los otros elefantes y arrojando a las tropas que seguían en desorden.

Con el puente seguro, los portugueses levantaron sábanas de lona para proteger a la exhausta infantería del intenso sol.

Sin embargo, el asalto fue suspendido cuando Albuquerque se dio cuenta de cuán cortas eran las provisiones que tenían, y ordenó a las tropas que se embarcaran de nuevo, incendiando el palacio real y la mezquita a lo largo del camino.

Una vez en tierra, los portugueses volvieron a vencer rápidamente las defensas malayas y recuperaron el puente, entonces desprovisto de defensores.

A ambos lados, los portugueses levantaron barricadas con barriles llenos de tierra, donde colocaron artillería.

Según Correia, los malayos estaban muy asustados por las picas pesadas portuguesas "que nunca habían visto antes".

Se retiró unos pocos kilómetros al sur de Malacca, a la desembocadura del río Muar, donde se encontró con la armada y montó el campamento, esperando que los portugueses abandonaran la ciudad una vez que hubieran terminado de saquearla.

Contrario a las esperanzas del Sultán, Albuquerque no deseaba simplemente saquear la ciudad, sino mantenerla permanentemente.

Las comunidades de Java, Lusong y Malasia también obtuvieron sus propios magistrados (aunque el representante de Java, Utimuta Raja, sería ejecutado y reemplazado poco después por conspirar con el sultán exiliado).

En 1513, Jorge Álvares partió de Malaca y llegó a Cantón, para finalmente establecer contacto con China.

[51]​ Su hijo, Alauddin, iba a fundar el Sultanato de Johor y desarrollar relaciones más o menos pragmáticas con los portugueses.