Fue nombrado 4.º gobernador de la India portuguesa, cargo que desempeñó desde 1518 hasta 1522.

En otros viajes pasó a través de Ceuta, Arcila, Alcazarseguir, Diu y Goa, reparando fortalezas en varias escalas.

Inicialmente fue bien recibido, desembarcó hombres y mercancías, pero no llegó a un acuerdo para establecer una factoría, ya que los gujarates, los comerciales locales musulmanes, se opusieron con el apoyo de los bendahara.

Lopes de Sequeira abandonó rápidamente la costa, con tres naves, dejando atrás dos barcos quemados, varios heridos y diecinueve prisioneros.

Sequeira escapó a Castilla y consiguió un salvoconducto del emperador Carlos que le permitió regresar a Portugal y pleitear para recuperar sus posesiones.