Su padre le dio el gobierno de Hisar y de Termez en 1459 pero lo perdió ante el sultán Husayn Mirza contra el que, según Babur, libró dos grandes batallas: en Astarabad, donde fue derrotado y en Chikman (Sarai) cerca de Andikhud, igualmente derrotado, sobre 1465, volviendo a Herat.

Sultán Ahmad Mirza, que gobernaba en Samarcanda donde se había proclamado sultán y que era hermano (de padre y madre) del Sultán Mahmud, marchó desde su capital decidido a reconquistar Herat, pero tras una entrevista con su hermano Mahmud, que había llegado a Samarcanda, desistió.

En 1471 el hakim de Balj, Ahmad Mushtak (o Mushtaq), conocido como Khoja Ahrar, se sublevó y Mahmud Mirza le apoyó yendo a Balj en persona.

En 1479, muerto su hermano Abu Bakr Mirza, cogió el control de Badakhxán, Kunduz, Khuttalán y Caghaniyan.

Según Babur fue dos veces a Kafiristán, al sur del Badakhxán, e hizo la guerra santa y por eso fue llamado sultán Mahmud Ghazi.