En 1571 acompaña a su hermano, el futuro santo, Francisco de Borja y Aragón y al cardenal Alejandrino en un viaje por Europa hacia Roma, donde fue designado Consultor de la Inquisición Romana.

El rey Felipe III lo presenta en 1599 como obispo de Málaga.

Su llegada coincide con unos brotes de peste, con origen en el desembarco de tropas infestadas procedentes de puertos africanos, tan fuerte que la gente caía en la calle o en los templos sin dar tiempo al socorro oportuno, rebosando la capacidad de los hospitales.

El obispo se dedicó con denuedo a ayudar a los enfermos, incluso a aquellos a quienes los demás no se atrevían a acercarse; duró la peste dos años, y murió tanta gente que hubo que traer numerosas familias de otras regiones para atender los trabajos y las labores del campo.

En su honor, en la ciudad española de Málaga, en la zona de Pedregalejo, existe una calle que lleva su nombre.