Fue galardonado con el premio Australiano del Año en 2007 por su trabajo y defensa de cuestiones medioambientales.
Mientras era curador de mamíferos en el Museo Australiano, llevó a cabo un estudio sobre los mamíferos de Melanesia, donde identificó 17 especies no descritas previamente, incluidos varios canguros arbóreos.
Después de preocuparse cada vez más por el cambio climático, Flannery se destacó por su papel en la comunicación sobre el cambio climático, la investigación y la promoción del tema, particularmente en su Australia natal.
Flannery y otros comisionados despedidos formaron más tarde el Consejo Climático independiente .
que continúa comunicando ciencia climática independiente al público australiano.