[2] Así como también trabajó en la química orgánica, Anderson realizó importantes contribuciones a la agroquímica, escribiendo más de 130 informes acerca de suelos, fertilizaciones y enfermedades de plantas.
Habiendo desarrollado un interés en la química durante sus estudios médicos, dedicó algunos años al estudio de la química en el continente europeo incluyendo la asistencia a clases bajo Jöns Jakob Berzelius en Suecia y a clases de Justus von Liebig en Alemania.
Al volver a Edimnburgo, trabajó en la Universidad de Edimburgo y en la Highland and Agricultural Society of Scotland.
[3] En 1872, Anderson fue premiado con la medalla Royal de la Royal Society "por sus investigaciones en las bases orgánicas del aceite animal Dippell, sobre la codeína, sobre los constituyentes cristalizados del opio; sobre la piperina y la papaverina y por sus investigaciones en la fisiología y química animal."
Sus últimos años fueron estropeados por una enfermedad neurológica progresiva (que podría haber sido sífilis).