El libro se volvió a publicar muchas veces y sigue siendo consultado por creacionistas.

Charles Darwin tomó sus argumentos en serio y respondió a ellos; los biólogos evolucionistas como Stephen Jay Gould y Richard Dawkins también respondieron a tales ideas haciendo referencia al libro de Paley.

[1]​[2]​ El argumento de Paley se basa principalmente en la anatomía y la historia natural.

"Por mi parte", dice, "me posiciono en la anatomía humana"; en otra parte insiste en "la necesidad, en cada caso particular, de una mente inteligente diseñadora para la elaboración y determinación de las formas que llevan los cuerpos organizados".

Al formular su argumento, Paley empleó una amplia variedad de metáforas y analogías.

Basándose en esta analogía mecánica, Paley presenta ejemplos de la astronomía planetaria y argumenta que los movimientos regulares del sistema solar se asemejan al funcionamiento de un reloj gigante.

[6]​No se da respuesta a esta pregunta, diciéndonos que un reloj anterior lo produjo.

Por tanto, para tener una mayor longitud en un menor compás, la cuerda del músculo principal forma un ángulo.

Esto, hasta ahora, responde al final; pero, además, forma un ángulo, no alrededor de un pivote fijo, sino alrededor de un bucle formado por otro músculo; cuyo segundo músculo, cada vez que se contrae, por supuesto sacude al primer músculo en el punto de inflexión, y por lo tanto ayuda a la acción diseñada por ambos.

Cuando el argumento respeta sus atributos, son de peso; pero entonces deben tomarse en conjunto (la atención no debe descansar sobre ellos, sino que deben tomarse en conjunto) con las evidencias intachables que poseemos, de habilidad, poder y benevolencia, mostradas en otros casos; qué evidencias pueden, en fuerza; el número y la variedad pueden ser tales, y pueden dominar las imperfecciones aparentes, como para inducirnos, sobre la base más razonable, a creer que estos últimos deben referirse a alguna causa, aunque la ignoremos, distinta del defecto.

Si el plan general procedía de alguna necesidad fija en la naturaleza de las cosas, ¿cómo podría acomodarse a las diversas necesidades y usos a los que tenía que servir en diferentes circunstancias y en diferentes ocasiones?

[9]​ Una edición posterior publicada por E. S. Gorham contenido revisiones por la F. LeGros Clark con el fin de "armonizar con la ciencia moderna".

[10]​ El libro fue reeditado en muchas ediciones por editoriales en ciudades como Londres, Oxford, Cambridge, Edimburgo y Filadelfia.

En primer lugar, rechazó la creación de una analogía entre el mundo y un artefacto humano como un reloj, ya que son tan diferentes que cualquier analogía debe ser muy débil y poco fiable.

[14]​ Para contrarrestar el primer argumento, Paley defendió enérgicamente la analogía, enfatizando los mecanismos complejos en los organismos vivos vistos como máquinas diseñadas para un propósito y sosteniendo que, en cierto sentido, "que un animal sea una máquina no es ni correctamente verdadero ni completamente falso".

[15]​ Las primeras ideas evolutivas presentaban una nueva amenaza a la analogía entre los organismos vivos y el objeto diseñado, ya que la vida difiere en su reproducción.

[26]​ No obstante, Darwin expresó sus dudas al estudiar la cantidad de sufrimiento animal por la selección natural para la supervivencia del más apto.

[27]​[28]​[29]​ Esto también se le conoce como el problema darwiniano del mal en su honor.

[32]​ El biólogo evolucionista Richard Dawkins se describió a sí mismo como un neopaleyano en El relojero ciego (1986), donde argumentó, siguiendo al biólogo evolutivo y humanista Julian Huxley,[33]​ que la analogía del reloj de Paley no reconoce la diferencia entre la complejidad de vivir organismos y el de los objetos inanimados.

La comparación se rompe, en opinión de Dawkins, debido a esta importante distinción.