La temporada 1998-99 de la NBA fue la quincuagésimo tercera en la historia de la liga.
Debido al cierre patronal, la campaña no dio comienzo hasta el 5 de febrero de 1999 y terminó el 25 de junio de 1999.
La temporada finalizó con San Antonio Spurs como campeones de la NBA por primera vez tras derrotar a New York Knicks por 4-1.
* V: Victorias * D: Derrotas * %V: Porcentaje de victorias * P: Partidos de diferencia respecto a la primera posición * C: Campeón