Un roce precisamente con Johnson hizo que fuera traspasado a los Miami Heat.

Durante ese periodo, con Pat Riley en el banquillo, consiguió ser nombrado en 2 ocasiones Mejor Defensor del Año.

En la temporada 2000-2001 le fue diagnosticada una grave afección renal, lo cual hizo que se perdiera muchos partidos durante la misma, pero que no le impidió disputar el All-Star Game de 2002.

Se perdió una temporada entera a causa de su enfermedad.

Fue traspasado a los Toronto Raptors, pero rehusó jugar en Canadá, comprando su libertad, y firmando de nuevo con Miami Heat, donde conquistó el anillo en 2006.