La primera sección construida del conjunto arquitectónico fue la capilla abierta, a la que se añadieron sucesivamente una basílica, un claustro conventual, una posada y un noviciado.
Como la capilla destinada para la evangelización, el templo también fue concebido como un espacio religioso a cielo abierto.
El templo posee una fachada de estilo plateresco, y tiene planta basilical de tres naves, que son separadas entre sí por las arcadas que estaban destinadas a sostener el techo de la iglesia.
El templo posee dos torres de planta circular que alojaron sendos campanarios.
Uno de los muros posee restos de antiguas inscripciones que se presume fueron realizadas por los antiguos mixtecos.