Sin embargo, no fue hasta el año 1608 en que el conjunto conventual de Santo Domingo fue inaugurado, aun sin concluir.

En los siguientes treinta años, la construcción del edificio siguió con sus altibajos, debido a que la Orden no contaba con recursos financieros suficientes.

La última modificación al edificio ocurrió en 1724, año en que dio comienzo la edificación de la Capilla del Rosario.

Siete años más tarde, en 1866, el culto católico fue suspendido por el gobierno federal, hasta que en 1902 fue devuelto nuevamente a la Iglesia por el presidente Porfirio Díaz.

Gracias a la labor del padre Fray Esteban Arroyo, el actual retablo mayor fue inaugurado en 1959, y en 1976 dio inicio un gran proceso de restauración.

Tres años más tarde, el papa Juan Pablo II ofició una misa para los enfermos en este templo.