Aparentemente su nombre actual se debe a que fue utilizado en diversos momentos históricos para poner trincheras defensivas, ya que con su altura se dominaba toda la ciudad.
Dada su importancia cultural y natural en el 2004 se declaró al Cerro del Fortín como área natural protegida, en la categoría de parque estatal, bajo la administración del Instituto Estatal de Ecología.
Estos bosques introducidos ocupan ahora un 45 por ciento de la superficie total.
En la punta del cerro se edificó el Observatorio Astronómico Municipal, un espacio abierto al público que desde su inauguración, en 1973, por el presidente municipal Canuto Muñoz Mares, se ha dedicado a la divulgación de las ciencias, enseñanza y observación del cosmos a través de telescopios.
Las calles que son más próximas al cerro pero su dificultad de acceso o corto trayecto hace que no se pueda hacer una circunvalación efectiva.