En 1490 murió el rey Matías, y la nobleza húngara se dividió en dos facciones, una que apoyaba a Juan Corvino, el hijo ilegítimo del fallecido rey y otra, encabezada por la reina viuda Beatriz de Aragón, que deseaba elegir y coronar a Vladislao Jagellón, el hijo del rey polaco que ya había conseguido ser coronado como rey de Bohemia.

Juan Corvino fue convencido para renunciar al trono y se marchó a las regiones fronterizas del Sur, creyendo que sería compensado con el reino de Bosnia, pero en realidad fue emboscado y expoliado del tesoro real.

De esta manera, Bakócz se convirtió en el más alto cargo esclesiástico del reino húngaro.

Sin embargo, la proyectada cruzada degeneró en una gran revuelta servil encabezada por György Dózsa, que devastó el reino y desacreditó por completo a Bakócz.

Bakócz y su familia fueron enterrados en una capilla separada en la Basílica de Esztergom, obra maestra del renacimiento húngaro.