La Subsecretaría de Universidades fue la Subsecretaría del Ministerio de Universidades.

Como tal, ejercía la representación ordinaria del Ministerio, se encargaba de las relaciones institucionales del departamento con organismos y entidades de carácter público y privado, y brindaba apoyo al ministro y a los órganos directivos del Departamento en la planificación y coordinación de la actividad del Ministerio a través del correspondiente asesoramiento técnico.

[2]​ Asimismo, asumió todas las relaciones del Departamento con los órganos jurisdiccionales, con los demás departamentos de la Administración General del Estado, con los Delegados y Subdelegados del Gobierno y con los restantes órganos de la Administración Periférica del Estado; las funciones de inspección y control de los servicios del departamento; la coordinación de las actuaciones del departamento en materia de igualdad de género, incluido el ejercicio de las funciones de Unidad de Igualdad del Ministerio; y las funciones propias como Autoridad Nacional vinculadas al Programa Erasmus+.

[2]​ Se trató de una subsecretaría creada para asistir a un Departamento con competencias únicas en universidades, lo cual fue una novedad, siendo creada por Real Decreto de 15 de enero de 2020,[3]​ si bien ya en 1979 existió una Subsecretaría de Universidades e Innovación, liderada entonces por Manuel Cobo del Rosal,[4]​ que se trata del origen de la Subsecretaría de Ciencia.

[5]​ La Subsecretaría se estructuró a través de los siguientes órganos directivos: Se adscribieron a la Subsecretaría: