La Subsecretaría del Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades de España es el órgano directivo responsable de la administración diaria del Departamento y de prestar apoyo técnico-jurídico a sus órganos.
El actual titular de la subsecretaría es Carlos Marco Estellés.
[1] La Subsecretaría se crea por primera vez en 1979, con la creación del Ministerio de Universidades e Investigación, el primer departamento ministerial dedicado únicamente a la investigación científica.
[2] Estuvo activa hasta 1981 cuando las competencias científicas se reintegraron en el Ministerio de Educación y fue recuperada de forma breve en el año 2000, en el entonces Ministerio de Ciencia y Tecnología, siendo refundido de nuevo en Educación hasta 2008 que se recupera el Ministerio de Ciencia e Innovación.
De acuerdo con los Presupuestos Generales del Estado para 2023, la Subsecretaría participa en dos programas: