Sin embargo, la temporada no terminó como los seguidores reds esperaban, ya que el Liverpool perdió el título de Liga en el decisivo partido contra el Arsenal en Anfield.
Los gunners necesitaban ganar por dos goles y el marcador reflejaba 0-1 a falta de unos segundos para el final.
El nuevo entrenador, Graeme Souness, fue acusado de infravalorar las habilidades del jugador irlandés.
Por otra parte, las leyes imposibilitaban alinear a más de cuatro futbolistas no comunitarios (Staunton estaba clasificado como extranjero) y la ley Bosman no entró en vigor hasta 1992, por lo que las posibilidades de continuar en Anfield para el defensa irlandés se redujeron.
Pronto se convirtió en el eje de la defensa y el equipo terminó séptimo en la temporada 1991-92.
Al año siguiente, en la primera temporada de la renombrada Premier League, el Villa luchó por el título hasta el final, pero perdieron ante el Manchester United y tuvo que conformarse con el segundo lugar.
En la campaña 1995-96 Staunton logró otra Copa de la Liga, tras su imponente victoria sobre el Leeds United por 3-0.
En esta temporada la participación del zaguero irlandés fue más intermitente debido a una serie de lesiones.
Su segundo periodo en Merseyside duró dos años, incluyendo un año cedido en el Crystal Palace, donde jugó seis partidos en liga.
Jugó los cinco partidos que disputó Irlanda hasta caer en cuartos frente a los anfitriones italianos por 1-0.
Disputó todos los partidos del combinado irlandés, esta vez con Mick McCarthy en el banquillo, como capitán y fueron eliminados contra España en los penaltis en octavos de final.