A partir de los archivos fotográficos se puede concluir que en algunos años la aerolínea realizaba vuelos desde Mogadiscio hasta Ámsterdam, Yida, Nairobi, Yibuti, y Adís Abeba, mientras que las rutas hacia Londres y Roma parecen ser las que más perduraron.
Las convulsiones políticas en Somalia llevaron al cese de todos los vuelos internacionales a inicios de 1991 y todas las operaciones cesaron a fines del mismo año.
Somali Airlines inició sus operaciones usando naves Piper y posteriormente éstas fueron reemplazados por Fokker F27 Friendship.
También utilizó durante un tiempo naves Dornier Do 228, y también arrendó un Boeing 727 a TAP Air Portugal.
El vacío creado por el colapso de la aerolínea fue parcialmente llenado por otras empresas como Jubba Airways, así como también Daallo Airlines y Djibouti Airlines de Yibuti.