Sin embargo, fue durante las guerras que Grecia enfrentó a finales del siglo xix y principios del xx cuando Sofía mostró la mayor actividad social: fundó hospitales de campaña, supervisó la formación de enfermeras griegas y trató a los heridos ella misma.

Su hermano, el emperador Guillermo II, era aliado del Imperio otomano y se opuso abiertamente a la realización de la Megali Idea, que pretendía establecer un estado que abarcaría todas las áreas étnicas habitadas por griegos.

Al mismo tiempo, Grecia entró en guerra junto a la Triple Entente, lo que le permitió crecer considerablemente.

Los príncipes tuvieron seis hijos: Se la consideró como influyente en su esposo el rey, sobre todo en los sentimientos pro-alemanes que Constantino mostró durante la Primera Guerra Mundial.

En 1920 regresaron a Grecia con motivo de los funerales de su hijo, Alejandro, y ese mismo año el rey Constantino retomó el poder, para abdicar tan solo dos años después, en 1922, y enseguida partir nuevamente al exilio, esta vez a Italia.