A menudo las moléculas orgánicas pueden tener un mayor grado de complejidad comparadas con los compuestos puramente inorgánicos.
A los compuestos químicos producidos en cada paso se les denomina intermedios sintéticos.
Sin embargo muchos intermedios son compuestos que nunca han sido sintetizados antes.
Estos serán producidos normalmente usando métodos generales de síntesis.
Si las investigaciones anteriores muestran que puede ser un método de aplicación general, grupos de investigación más grandes pueden entonces llevar a cabo una síntesis total para demostrar su valor en una aplicación real.