Entre sus discípulos figuran Anton Bruckner, Selmar Bagge, Eduard Rappoldi, Erik Anthon Valdemar Siboni, Sigismund Thalberg, Joseph Sucher, Eric Ehrlich, Franz Schubert, Johann Nepomuk Fuchs, Henri Vieuxtemps, Johann Rufinatscha y Theodor Dohler.

Su obra principal (Die Grundsätze der musikalischen Komposition (1853-54) en tres volúmenes) contiene en principio la teoría del bajo fundamental de Jean-Philippe Rameau.

Š. Sechter junto con Voříšek tenía interés en el trabajo de Johann Sebastian Bach.

Por ejemplo, prohibió a Anton Bruckner escribir composiciones originales mientras aprendía contrapunto con él.

Es conocido por haber escrito más de 8.000 obras, incluidas unas 5.000 fugas (procuraba escribir al menos una cada día).