En 1881 los jesuitas fueron expulsados por el gobierno del general Joaquín Zavala Solís, debido a la masacre de los indios matagalpinos que hizo en esa ciudad.

El 25 de julio de 1896 fue consagrado Obispo Auxiliar coadjutor (o sea con derecho a la sucesión) por el obispo Francisco Ulloa y Calvo (habiendo sido nombrado por el Papa León XIII) y sucedió a éste.

En 1898 publicó una carta pastoral contra las leyes de Zelaya, al negarse su retractación fue expulsado el 3 de noviembre del mismo año hacia Costa Rica.

Estuvo exiliado en México, Panamá, Colombia y Costa Rica.

Dispuso que fuera sepultado en la Catedral el 13 del mismo mes con los honores de "Príncipe de la Iglesia", junto con el clero y el gobierno cuyo presidente era Adolfo Díaz.