Durante 25 años, a partir de 1890, fue rector del Seminario de León; se le llamaba familiarmente el padre Toño (Antonio) donde era sencillo, honesto y puro.

[2]​ Debido a la Revolución Liberal del 11 de julio de 1893 y su entrada en Managua 14 días después, el 25 del mismo mes (encabezada por el nuevo Presidente de Nicaragua general José Santos Zelaya López) se inició la política laica anticlerical del liberalismo; al combatir con su pluma al diario El 93 de don José Dolores Gámez lo que le provocó el exilio.

Don Gaspar Sanz y Tovar, Embajador de España en Nicaragua, dijo que: Era natural por tanto que España condecorase con la citada orden al insigne prelado Monseñor José Antonio Lezcano y Ortega, que entre sus muchos méritos ostenta con orgullo el de ser académico correspondiente de la Real Academia de la Lengua.

Miles personas de todos los estratos sociales desfilaron frente a su féretro.

El funeral se verificó en la tarde del 8 de enero (con una multitudinaria asistencia organizada por el régimen), Monseñor Lezcano había pedido que el entierro fuera sencillo con solo una cruz de madera, aunque el exterior de su catafalco fue adornado con adornos lujosos hechos por su amigo Vicente Aranda por lo que al colocarlo en su nicho en la cripta de la Catedral (debajo del Altar Mayor no cabía y los bomberos, con sus hachas, los quitaron y por fin entró su féretro, por lo que se interpretó como una afirmación de su petición.

Se distinguió Monseñor Barni por defender a los perseguidos políticos en esos años de dura represión en el país.

Se le trasladó a la Parroquia de Santa Ana, ubicada en el barrio del mismo nombre (en la zona occidental de Managua), sepultándolos al lado derecho del Altar Mayor.

A inicios de los años 80 la Dirección Nacional del Frente Sandinista de Liberación Nacional (FSLN) quiso cambiarle el nombre al Barrio Monseñor Lezcano, pero lo pensaron muy bien porque hubiera provocado la primera protesta popular en Nicaragua por causas religiosas y no políticas y económicas, según el testimonio del doctor Alfredo Obando Palma (1924-2015).